Die archäologische Sammlung von Ierapetra begann im späten 19. Jahrhundert, als ihre Antiquitäten-liebenden Bewohner die Erziehungsvereinigung von Ierapetra gründen, derer Zweck es war, die Antiquitäten der Region zu sammeln und zu bewahren, sowie eine Museumsammlung zu schaffen.
Das Museum, das heute im Wahrzeichengebäude der osmanischen Schule oder Mehtepi untergebracht wurde, wurde 1899 erbaut und beherbergt die Gegenstände, die von Schäden und Plünderungen überlebten (aus dem 3. Jahrtausend v.Chr. bis zum 5. Jh.).
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