Kreta hat eine reiche Biodiversität und der beste Moment ist im Frühling, wenn die Flora am besten ist. Über 1.700 Arten wurden auf Kreta aufgezeichnet, von denen viele endemisch sind. Einige abgelegene Gebiete der Insel, vor allem die Weißen Berge und die umliegenden Inseln sind die Heimat vieler Stenoendämiearten und Unterarten, d.h. Pflanzen, die nur in diesem begrenzten Gebiet verteilt sind.
Jedes Jahr ziehen diese seltenen Arten Botaniker aus der ganzen Welt an. Sie kommen, um wilde Blumen zu studieren, darunter eindrucksvolle gebürtige kretische Orchideen. Darüber hinaus wachsen endemische Tulpen auf den Weißen Bergen, auf der Dikti-Reihe, auf der Halbinsel Gramvousa und im kleinen botanischen Paradies von Gious Kampos in Rethymnon.
Kreta ist auch berühmt für seine aromatischen Pflanzen und Kräuter, die überall auf der Insel wachsen. Viele von ihnen wurden seit der Antike für ihre therapeutischen Eigenschaften verwendet und sie werden derzeit an vielen Orten der Insel angebaut.
Großbritannien, dessen Gebiet 40 mal größer als die Insel Kreta ist, umfasst fast die gleiche Anzahl von Pflanzenarten. Dies ist ein Indikator für die Vielfalt der auf der Insel verfügbaren Arten.
Die Palme von Theophrastus (Phönix theophrasti), auch bekannt als Cretan Dattelpalme, ist eine seltene endemische Spezies der Ägäis, die überall in Kreta, auf mehreren Ägäischen Inseln und in Antalya (Südwesttürkei) vorkommt.
Die Strandzedern von Kreta (Juniperus macrocarpa und Juniperus phoenicea) bilden einige der wichtigsten Ökosysteme in Griechenland, die Zedernhaine in den Dünen Südkretas. Die ökologische Bedeutung der Dünen ist enorm für die Artenvielfalt und die Existenz seltener Tiere und Pflanzen.
Der Johannisbrotbaum (Ceratonia siliqua) ist eine blühende immergrüne Baumart in der Erbsenfamilie, die in der kretischen Flora sehr verbreitet wird. Kreta beherbergt den größten Naturhain mit Johannisbrotbäumen in Europa, nämlich den Johannisbrothain von Tris Ekklisies.
Die Stechpalme oder Kermes Eiche ist eine Art, die gewöhnliche Eiche ähnelt. Auf Kreta trifft sie sich in allen Bergregionen und ist einer der häufigsten Bäume. Die Eichen sind in Kreta-Gebieten anzutreffen, da sie in felsigen und trockenen Böden wachsen können und den extremen Wetterbedingungen widerstehen.
Kretische Zelkove (griechisch: Anegnoro oder Ampelitsa) (Zelkova abelicea) ist ein endemischer Busch oder kleiner Baum auf Kreta, der 3-5 Meter hoch ist. Das ist eine einzigartige Art des Genres Zelkova, der Familie Ulmaceae und wird als lebendes Fossil charakterisiert.