Rethymnon beherbergt mehrere zugängliche schöne Schluchten. Die berühmteste ist die Schlucht Kourtaliotiko, in der der Fluss Megalos fließt, der am schönen Strand von Preveli mit dem verträumten Palmenhain endet. Die Schlucht hat die größte Menge an Wasser in Kreta und der Fluss, der entlang seines Bettes, von den Quellen bis zum Strand fließt, ist ein spannendes Erlebnis. Zu den anderen wanderfreundlichen Schluchten von Rethymnon gehören die Zwillings-Kollita-Schluchten im Gebiet von Argyroupolis, die Schlucht Kotsifos von Plakias, die Schlucht des Heiligen Antonius in Patsos, die Schlucht Prasano und die Schlucht Platania. Neben der Stadt von Rethymnon gibt es die üppigen Schluchten von Myli, Vederi und Gallos.
Kourtaliotis Schlucht 
Die Schlucht von Kourtaliotis liegt 22 km südlich von Rethymno und hat eine Länge von 3 km. Das ist eine der spektakulärsten natürlichen Attraktionen von Rethymnon. Sie beginnt vom Dorf Koxare und fliesst zwischen den Bergen Kouroupis (984 m) und Xiro Oros (Trockener Berg - 904 m). Die riesigen Felsen der Schlucht erreichen eine Höhe von 600 Metern und sind voller Öffnungen und Höhlen, wo bedeutende Arten der Fauna leben.
Mili Schlucht ist eine atemberaubende grüne Oase in der Nähe der Stadt Rethymno. Das ist eigentlich eine Schlucht, die eine riesige Anzahl von Pflanzen und Bäumen hat, ein echter botanischer Garten. Sie befindet sich nördlich des Dorfes Chromonastiri und südlich von Xero Chorio.
Die Schlucht von Patsos oder Agios Antonios liegt 8 km südwestlich des Klosters von Arkadi, im Herzen der üppigen Provinz Amari. Das Wasser der Schlucht wird in den Damm von Potamoi gegossen. Das Wandern in der Schlucht ist sehr einfach, da es vom Forstdienst verwaltet wird.
Die Schlucht von Kotsyfos beginnt im Dorf Kannevos und endet bei Plakias. Der Ausgangspunkt ist sehr schmal mit einer Breite von ca. 10m, die allmählich ansteigt und 600m erreicht. Die Gesamtlänge beträgt 1800m, und die fast vertikalen Seiten erreichen eine Höhe von 600m. Im Inneren der Schlucht befindet sich ein kleiner Tempel, der in einer Felsenhöhle errichtet wurde, die dem Heiligen Nikolaus gewidmet wird.
Die wilde Prassano Schlucht liegt 10 km südöstlich von Rethymnon. Beginnend südlich von Prasses Dorf, bietet sie einen dreistündigen Spaziergang durch die atemberaubenden gigantischen Felsen und durch einige relativ harte Zugänge, die die Passage sehr interessant machen. Die Prassano Schlucht befindet sich neben den nackten Hügeln von Gargana. Sie endet in Platanias, östlich von der Stadt Rethymno.
Kollita Schluchten, d.h. Zwillingsschluchten, befinden sich in der Nähe des malerischen Dorfes Argyroupolis, etwa 22 km südwestlich von Rethymnon Stadt. Sie werden so benannt, da sie aus zwei parallelen Schluchten bestehen, die in der Nähe der Siedlung von Kato Poros enden und beide Teil des europäischen Wegs sind. Hier beziehen wir uns auf die östlichste Schlucht von Moundros.
Platania Schlucht liegt im Amari Tal, 38 km südöstlich von Rethymno, am westlichen Stadtrand von Psiloritis. Das ist ein einzigartiger Weg, mit beeindruckenden Klippen, vertikalen Kalksteinfelsen, Felsdächern und Höhlen. Der Weg wird für erfahrene Bergsteiger empfohlen, obwohl der erste Teil des Weges recht einfach und gut geplagt ist, so ist er auch für Kinder ideal, die körperlich fit sind. Sie werden die Kapelle des Hl. Antonius treffen, die in der Höhle gebaut wurde.
Die wunderschöne Schlucht Galliano beginnt südöstlich von Gallos und endet an der Stadt Rethymnon. Sie ist 5,5 km lang und der Spaziergang ist entlang einer grünen Schlucht.
