Das Kloster befindet sich im Dorf Margarites, 30 km südlich von Rethymno und wurde im späten 15. bis Anfang des 16. Jahrhunderts erbaut. Das ist eine Abhängigkeit von dem Kloster von Karakalou bei Athos. Sein Gründer gehörte der venezianischen Familie Dandolo. Vor dem schönen Tor befindet sich ein Grab, das mit dem Wappen von Dandolo geprägt ist, bis heute in sehr gutem Zustand bewahrt wird.
Das Kloster scheint als Kloster begonnen zu haben, und nach der Tradition, während der osmanischen Herrschaft, näherten sich die Türken dem Kloster, um die Nonnen zu töten und das Kloster zu plündern. Die Nonnen verließen das Kloster und fanden Zuflucht in einer örtlichen Höhle. Die Türken folgten ihnen, aber nach der Tradition, als sie aus der Höhle stiegen, bedeckte eine weiße Wolke den Eingang und die Nonnen wurden gerettet.
Während der osmanischen Herrschaft wurde das Kloster dem Kloster Karakalou gewährt und dann wendete es sich zu männlichem Kloster. Einer der Mönche, der sechs Jahre lang im Kloster lebte, war bis 1803 der Heilige Gideon, der aus Tyrnavos, Larissa (Zentralgriechenland) kam. Er wurde 1818 in Tyrnavos von den Türken getötet.
Der letzte Mönch war der Vater Callinicos, der auch im Grab des Gründers im Inneren des Tempels begraben liegt. Nach seinem Tod wurde das Kloster verlassen und die Restaurierungsarbeiten begannen im Oktober 1998 mit der vollen Unterstützung der Einheimischen. Heute beherbergt das Kloster einen Mönch.
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