Obwohl die ersten Erwähnungen über das Kloster des Augustinerordens, eines der wichtigsten Klöster der Venezianer in Rethymno, in die zweite Hälfte des 16. Jahrhunderts datieren, ist es fast sicher, dass seine Gründung in früheren Jahren zurückgeht.
Nach bestimmten venezianischen Karten und Ausgrabungsberichten hatte das Kloster einen rechteckigen Grundriss mit den rund um die Kirche angeordneten Zellen. Heute ist nur noch die Kirche erhalten, derer ursprünglicher Grundriss wegen der Umwandlung in eine Moschee und die Hinzufügung einer Kapelle im Westen geändert wurde. Die ursprüngliche Kirche war eine einschiffige Basilika mit großen Fenstern und einem Satteldach. Der Haupteingang befand sich an der Nordseite und ist eines der wichtigsten venezianischen Portale der Stadt. Das Design basiert auf einer Zeichnung des italienischen Architekten Sebastiano Serlio aus dem 16. Jahrhundert. Im Westen ist noch die kleine Kapelle von Corpus Cristi im Jahre 1617 erhalten.
Nach dem Fall von Rethymno durch die Osmanen gründete Gazi Deli Huseyin Pascha, der Oberbefehlshaber der osmanischen Armee auf Kreta und der Eroberer von Rethymno, in der Gegend einen Komplex, der eine Moschee, ein Armenhaus, eine Bibliothek umfasste und eine Schule. Huseyin Pascha nutzte die Kirche zu einer Moschee, die Kapelle zu einer Bibliothek und das nahe gelegene Kloster des Franziskanerordens zu einem Imaret (Armenhaus). Im Westen der Moschee wurde 1980-1991 ein Minarett mit zwei Balkonen errichtet. Seine Gesamthöhe beträgt 33m.
Das Denkmal wurde 1986 restauriert und wird heute als Konservatorium, Konzertsaal und Hörsaal genutzt.