Neben dem modernen Hafen von Heraklion kann der Besucher den malerischen venezianischen Hafen bewundern, der derzeit als Yachthafen mit der beeindruckenden Festung Koules dient, die einst den Eingang beschützt hat. Die 2 km lange Anlegestelle des modernen Hafens beginnt hier und ist eine der beliebtesten Wandertouren der Bürger.
Gegenüber Koules, an der Stelle, wo es jetzt das Cafe Marina gibt, wurde bis zum frühen 20. Jahrhundert eine kleinere Festung gebaut, um die andere Seite des Eingangs zu schützen, genannt Kleine Koules. Auf der Küstenstraße können wir noch die überlieferten, länglichen gewölbten Werften, den Panzer von Zane (neben den großen Werften) und das Salzlagerhaus (zwischen den großen und den kleinen Werften) sehen.
Die ersten großen Hafenkonstruktionen wurden von den Arabern im 9. - 10. Jahrhundert durchgeführt, um Heraklion als Basis für ihre Piratenangriffe zu nutzen. Der Hafen wurde auch die byzantinische Burg von Handax (der Name von Heraklion in dieser Ära) nach 961 n.Chr. Während der venezianischen Ära wandte sich der Hafen von Candia (wie die Venezianer Heraklion nannten) zum bedeutendsten Hafen im östlichen Mittelmeer mit der größten Exporttätigkeit. Im 17. Jahrhundert konnte der Hafen 50 Galeeren platzieren, und vor allem während des kretischen Krieges (gegen die Türken) wurde der Eingang jeden Abend durch eine riesige Metallkette blockiert. Die Venetianer exportierten nach Europa den berühmten Malvasia-Wein (einer der berühmtesten Weine dieser Ära), Salz (hauptsächlich aus Elounda), Honig, Käse, Bienenwachs, Seide, Rosinen, Baumwolle und Olivenöl.
Während der osmanischen Zeit behielten die Türken den Gebrauch dieses sehr wichtigen Hafens bei. Der schöne Hafen erlitt jedoch durch den Modernisierungsverlauf des 20. Jahrhunderts große zerstörerische Veränderungen, um von der Seestraße und dem neuen Hafen Platz zu machen. Die meisten Werften, Kleine Koules und das Tor der Mole wurden abgerissen. Das letzte Tor wurde am Ausgangspunkt der heutigen Fußgängerstraße vom 25. August gebaut und kontrollierte den Eingang zum Hafen.
Heraklion Venezianische Werften 
Im Hafen von Heraklion sehen wir noch heute einen Teil der Werften (Arsenale), die aus großen länglichen Kuppelräumen bestehen. Das sind die Werften der Venezianer, wo sie ihre Schiffe untergebracht, gelagert, gebaut und repariert haben.
