Церковь Св. Иоанна находится в лесистой местности посреди дубов у деревни Рукани и является одним из самых исторических византийских памятников. Церковь датируется XI-XII веком и возможно работала как монастырь, посвященный Св. Иоанну Богослову. Сегодня церковь посвящена Св. Иоанну Крестителю.
Эта церковь принадлежит к крестообразному типу церквей с куполом, которые в основном встречаются в других местах Греции, а не на Крите. Именно поэтому считается, что строители были из Константинополя. Здесь мы находим впечатляющую и тяжелую деревянную дверь, а во дворе – мраморные погребальные таблички, римскую цистерну и гробницы монахов XVI столетия. В этом месте была найдена свинцовая печать венецианского периода, с именем архимандрита Андреаса Руканиса, которая сегодня представлена вниманию в историческом музее Ираклиона.