Die imposanten minoischen Paläste und die restlichen Bauwerke entstanden zwischen 2000 und 1400 v. Chr. Um 1700 v. Chr. wurden die minoischen Städte zerstört, vermutlich durch den Ausbruch des Vulkans auf Santorin, was jedoch nicht belegt ist. Die Paläste wurden wieder aufgebaut, jedoch begann mit der Zerstörung der großen minoischen Zentren durch die Mykener um 1400 v. Chr. der Niedergang.
Die minoische Supermacht war zu sehr geschwächt und konnte sich nicht mehr erholen. Letztlich verschwand sie in den folgenden Jahrhunderten und ermöglichte so den Achaern und Doriern die Eroberung der Insel.
Die Küstenbewohner, die sich zum ersten Mal mit der Bedrohung ihrer Insel durch einen externen Feind konfrontiert sahen, wurden in die äußerst unwirtlichen und schroffen Bergregionen gedrängt. Dies war der Beginn des sogenannten dunklen Zeitalters (1200-800 v. Chr.), als Städte an den unzugänglichsten, natürlich befestigten Orten erbaut wurden.
Bis heute haben Archäologen nicht belegt, was die Minoer zwang ihr fruchtbares Land zu verlassen und uneinnehmbare Städte auf windigen Berggipfeln zu erbauen, wie z. B. die Siedlungen auf den Gipfeln der Berge Karphi, Flektro, Kastro von Kavoussi, Azorias, Vrondas, Kastrokefala, Kyrimianos, Fratiani Kefala etc.
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Fratiani Kefala 
Hoch über dem Dorf Frati im Süden von Rethymnon und nördlich der Siedlung begegnen wir dem Fratiani Kefala Hügel. Das ist ein sehr steiler Hügel mit Klippen an den meisten seiner Seiten, die sehr gute Aussicht auf die Umgebung hat und als Schutz in schwierigen historischen Zeiten verwendet wurde.
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