Die Minoan Kydonia wurde an der heutigen Lage der Altstadt von Chania gebaut. Kydonia war die drittgrößte Stadt Minoans auf Kreta. Hier entwickelte sich eine blühende Handwerksindustrie und die Stadt wurde durch den Seehandel reich, die durch ihre Position begünstigt wurde. Tatsächlich erwähnen die alten Schriftsteller Kydonia als die Mutter der kretischen Städte.
Nach einer Version, kommt der Name von Kydon von dem mythischen Sohn von Minos und der Nymphe Akakkalida. Nach einer anderen Version, kommt er aus einem alten Namen von Kreta (Chthonia).
Die meisten Spuren wurden auf dem Kastelli Hügel über dem alten venezianischen Hafen identifiziert. Es wurden auch Platten von Linear A und Linear B gefunden. Die restlichen Spuren, wie der Palast von Kydonia, befinden sich unterhalb der modernen Stadt Chania und wurden nicht ausgegraben.
Die Stadt setzte ihren Kurs bis heute fort und erhielt Elemente aus allen Perioden der Insel. Bisher haben Ausgrabungen minoische Gräber, mykenische Bauten, kleine Paläste mit Fresken, mehrere Vasen, römische Statuen, hellenistische Mosaiken usw. Gefunden.