Η Κυδωνία ήταν κτισμένη στη σημερινή περιοχή της παλιάς πόλης των Χανίων. Η Κυδωνία ήταν πιθανότατα η τρίτη μεγαλύτερη πόλη της Mινωικής Κρήτης, μετά την Κνωσό και τη Φαιστό. Ανέπτυξε ακμαία βιοτεχνία και πλούτισε μέσα από το θαλάσσιο εμπόριο, το οποίο ευνοούσε η θέση της. Μάλιστα, οι αρχαίοι συγγραφείς αναφέρουν την Κυδωνία ως τη μητέρα των Κρητικών Πόλεων.
Σύμφωνα με μια εκδοχή, το όνομα της προέρχεται από τον Κύδωνα, τον μυθικό γιο του Μίνωα και της νύμφης Ακακκαλίδας. Κατά μια δεύτερη, προέρχεται από ένα παλιό όνομα της Κρήτης (Χθονία). Τα περισσότερα ίχνη έχουν εντοπιστεί πάνω στο λόφο Καστέλι, πάνω από το παλιό Ενετικό λιμάνι των Χανίων. Εκεί έχουν εντοπιστεί και πλάκες Γραμμικής Α’ και Γραμμικής Β’. Τα υπόλοιπα ίχνη, όπως και το ανάκτορο της Κυδωνίας, βρίσκονται κάτω από τη σύγχρονη πόλη των Χανίων και δεν έχουν ανασκαφεί.
Η πόλη συνέχισε την πορεία της στο χρόνο ως και σήμερα, παίρνοντας στοιχεία από όλες τις περιόδους του νησιού. Στις μέχρι τώρα ανασκαφές, έχουν βρεθεί μινωικοί τάφοι, μυκηναϊκά κτίρια, μικρά μέγαρα με τοιχογραφίες, διάφορα αγγεία, ρωμαϊκά αγάλματα, ελληνιστικά ψηφιδωτά, κ.α.