Das Archäologische Museum von Rethymnon ist seit 1991 tätig. Bis 2015 wurde es im fünfeckigen Fortgebäude untergebracht, gegenüber dem Haupttor der Festung Fortezza. Dieses Gebäude wurde von den Osmanen gebaut, um den Eingang zum Schloss zu schützen. Es wurde für verschiedene Zwecke verwendet und bis in die 60er Jahre hielt es die Gefängnisse von Rethymnon. Heute wird es in der Basilika von Agios Fragiskos (Hl. Francis) in der Altstadt von Rethymnon untergebracht.
Es beherbergt Exponate aus verschiedenen Ausgrabungen um die Präfektur von Rethymnon, die alle Perioden vom neolithischen Zeitalter bis zur römischen Zeit repräsentieren. Unter den bedeutendsten Exponaten des Museums befindet sich eine Urne, die eine Jagdszene darstellt, eine Figur einer minoischen Göttin, eine Marmorstatue der Venus, das violinenförmige Marmoridol, das in der Höhle Gerani gefunden wurde, eine halbgeschlossene Lehmvase mit Stiel und eine Mütze, ein Kopf einer Terrakotta-Figur und andere wichtige Erkenntnisse.