Die archäologische Bedeutung der Insel wird durch Museen und archäologische Sammlungen hervorgehoben. Das Archäologische Museum von Heraklion beherbergt die wichtigsten Erkenntnisse der minoischen Zivilisation. Die Schätze aus der Neolithik bis zur Römerzeit können auch im archäologischen Museum von Chania, Rethymnon, Sitia, Kissamos und Arhanes eingesehen werden. In den folgenden Jahren werden die neuen Museen von Messara und der alten Eleftherna erwartet, während das Museum von Agios Nikolaos erwartet wird. Wichtige lokale archäologische Sammlungen betreiben in Ierapetra, Myrtos und Gazi.
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Die archäologische Sammlung von Ierapetra begann im späten 19. Jahrhundert, als ihre Antiquitäten-liebenden Bewohner die Erziehungsvereinigung von Ierapetra gründen, derer Zweck es war, die Antiquitäten der Region zu sammeln und zu bewahren, sowie eine Museumsammlung zu schaffen.
Die Archäologische und Folklore-Sammlung von Myrtos arbeitet seit 2001 und beherbergt hauptsächlich die Sammlung von George Dimitrianakis. Die archäologische Ausstellung umfasst einige der Ergebnisse der archäologischen Stätten von Pirgos, Fournou Korifi, aber auch einige andere Orte der Region.
Die Sammlung der minoischen Antiquitäten im Archäologischen Museum von Heraklion ist die größte in der Welt und das Museum gilt als das wichtigste Museum der minoischen Zivilisation. Das ist eines der größten und bemerkenswertesten Museen Griechenlands und eines der bedeutendsten in Europa.
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