Die archäologische Bedeutung der Insel wird durch Museen und archäologische Sammlungen hervorgehoben. Das Archäologische Museum von Heraklion beherbergt die wichtigsten Erkenntnisse der minoischen Zivilisation. Die Schätze aus der Neolithik bis zur Römerzeit können auch im archäologischen Museum von Chania, Rethymnon, Sitia, Kissamos und Arhanes eingesehen werden. In den folgenden Jahren werden die neuen Museen von Messara und der alten Eleftherna erwartet, während das Museum von Agios Nikolaos erwartet wird. Wichtige lokale archäologische Sammlungen betreiben in Ierapetra, Myrtos und Gazi.
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Archäologisches Museum von Eleftherna 
Das Museum der alten Eleftherna ist das erste Museum in einer archäologischen Stätte auf Kreta, da es sich neben der alten Stadt Eleftherna befindet. Die drei Räume des Museums beherbergen die ganze Geschichte von Eleftherna von 3000 v. Chr. bis 1300 n.Chr. mit alltäglichen Gegenständen und Kunstwerken.
Das Archäologische Museum von Agios Nikolaos wurde 1970 gegründet und beherbergt Erkenntnisse aus der Jungsteinzeit, der minoischen Zeit und der griechisch-römischen Zeit aus der Präfektur Lassithi.
Das Archäologische Museum von Sitia ist seit 1984 tätig und beherbergt die bedeutendsten archäologischen Funde aus dem östlichen Kreta (von Sitia, Palekastro, von Inseln Mochlos und Psira, von der Nekropole Hl.. Georg, dem Palast von Zakros, der hellenistischen Stadt Xerokambos, Ziros, Makrigialos, der Insel Lefki und alter Itanos).
Das Archäologische Museum von Chania befindet sich im historischen Viertel Halepa in der Stadt Chania, im ehemaligen Lager Hatzidakis.
Das Archäologische Museum von Rethymnon ist seit 1991 tätig. Bis 2015 wurde es im fünfeckigen Fortgebäude untergebracht, gegenüber dem Haupttor der Festung Fortezza. Dieses Gebäude wurde von den Osmanen gebaut, um den Eingang zum Schloss zu schützen.
Das archäologische Museum von Kissamos wurde 2005 gegründet und befindet sich im venezianisch-türkischen Denkmal, bekannt als Diikitirio ("Hauptquartier"). Seine Exponate bilden ein Längsbild der Geschichte der Region von der Vorgeschichte bis zur Spätantike, d.h. die frühen christlichen Zeiten.
Das Archäologische Museum von Archanes betreibt seit 1993 in einem wunderschönen neoklassizistischen Gebäude, das die erste Grundschule von Archanes im Bezirk Tzami beherbergte.
Die archäologische Sammlung von Malevizi zeigt etwa 500 alte Gegenstände, die alle aus den Jahreszeiten der kretischen Antike stammen. Die Mehrheit der Exponate stammt aus der Sammlung von Metaxas, die von Nikolaos Metaxas von 1959 bis 1997 gepflegt wurde.
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