Die Höhle der Elefanten befindet sich im Drepano Gebiet von Akrotiri, in der Präfektur Chania und der Souda Bucht. Die Höhle wurde 1999 von Manolis Efthymakis entdeckt und wurde dann im Januar 2000 in Star TV von dem professionellen Taucher und Filmemacher G. Tzanakis gezeigt. Der Eingang der Höhle hat 9m Höhe, 6,5m Breite, beginnt in einer Tiefe von 10 Metern unter dem Meeresspiegel und fährt in einem Tunnel von etwa 40 Metern Länge fort. Der Rest der Höhle hat 125m Länge und eine durchschnittliche Breite von 25m. Das ist der Hauptraum der Höhle und ist wegen ihrer Morphologie teilweise mit Wasser gefüllt. Die Tiefe des Raumes (unter Wasseroberfläche) reicht von wenigen Zentimetern bis zu 4 Metern, während die Deckenhöhe über der Wasseroberfläche in einigen Punkten 10 m erreicht. Das Dach der Höhle ist voll von rötlichen Stalaktiten, was auf Aluminium und Eisen in den Felsen hindeutet. Im Wasser gibt es viele Stalaktiten, die besagen, dass einmal der Boden der Höhle nicht von Wasser bedeckt war. Das Studium der Sedimente (organisch, clastisch und chemisch) zeigt mit Sicherheit, dass die Höhle in früheren Jahreszeiten trocken war.
Die wichtigsten Erkenntnisse der Höhle waren die Identifizierung des paläontologischen Materials. Eine erste Studie zeigte, dass es hauptsächlich aus Knochen einer lokalen Art von Elefanten, Elephas Chaniensis und einem sehr kleinen Prozentsatz von Hirschknochen (Cervidae) besteht. Diese Erkenntnisse waren neu für Kreta und sind die einzigartigen aus Höhlen. Das Alter der Elefantenknochen wird auf 50.000-60.000 Jahre geschätzt. Die Migration dieser Arten in Griechenland wird geschätzt, dass es vor 15 Millionen Jahren geschah, wenn es eine einzige Landfläche vom Ionischen Meer bis zu den Kleinasien gab.
Die Hirschknochen, die auch in der Höhle gefunden werden, sind interessant. Sie gehören sowohl zu normalen Hirschen als auch zu den Hirsch-Zwergen (nur 30 Zentimeter). Es wird angenommen, dass die übermäßige Zunahme der Hirschpopulation (die den heutigen Ziegen sehr ähnlich war), die angebotene Nahrung deutlich reduzierte und das Aussterben von Elefanten in der Gegend verursachte. Dies wird durch die Tatsache bestätigt, dass die Knochen von Elefanten in niedrigeren Schichten als die der Hirschknochen und andere kleinere Säugetiere gefunden wurden.
Lokale Tauchbasen organisieren Touren in der Höhle. Die Erfahrung ist wirklich einzigartig: Die Besucher können die wunderschöne Einrichtung von Stalaktiten und Stalagmiten (unter Wasser und über der Wasseroberfläche) bewundern und versteinerte Knochen sehen, die in die Felsen der Höhle eingebettet werden. Beim Tauchen ist Aufmerksamkeit und Verantwortung erforderlich, denn jede ungeschickte Bewegung die Stalaktiten zerstören kann, die sich noch entwickeln.