Rethymnon beherbergt mehrere zugängliche schöne Schluchten. Die berühmteste ist die Schlucht Kourtaliotiko, in der der Fluss Megalos fließt, der am schönen Strand von Preveli mit dem verträumten Palmenhain endet. Die Schlucht hat die größte Menge an Wasser in Kreta und der Fluss, der entlang seines Bettes, von den Quellen bis zum Strand fließt, ist ein spannendes Erlebnis. Zu den anderen wanderfreundlichen Schluchten von Rethymnon gehören die Zwillings-Kollita-Schluchten im Gebiet von Argyroupolis, die Schlucht Kotsifos von Plakias, die Schlucht des Heiligen Antonius in Patsos, die Schlucht Prasano und die Schlucht Platania. Neben der Stadt von Rethymnon gibt es die üppigen Schluchten von Myli, Vederi und Gallos.
Kinigospilios Schlucht 
Im kleinen und fast menschenleeren Dorf Chordaki, Bezirk Amari, treffen wir die kleine, aber sehr schöne Schlucht von Kynigospilios südlich des Dorfes. Das ist ein geheimer Ort, nicht sichtbar von überall und dies ist der Hauptgrund, dass es unbekannt bleibt. Die Schlucht Kynigospilios hat genug Wasserfluss während der Wintermonate bis zum Ende des Frühlings, der von den Hängen des Mount Kedros kommt.
Unterhalb des Dorfes Myrthios, im Norden von Rethymnon (nicht das Dorf Myrthios bei Plakias), entsteht eine kleine Schlucht mit Platanen, die am Ausgang Kaminolakos eine kleine und sehr wilde Schlucht bildet. Die Schlucht ist trocken und trägt nur nach starken Regenfällen Wasser. Das Absteigen in die Schlucht ist nur mit technischer Ausrüstung möglich. Sie war völlig unerforscht bis zum 22. März 2013, als eine Gruppe von Christopher Cheiladakis, Argyro Koghylaki und Rudolf Riegler sie zuerst erforschte und Sicherheitsringe setzte.
Die Schlucht von Perdikaris liegt zwischen den Dörfern Miriokefala und Argoules, entlang der Grenzen der Präfekturen von Rethymnon und Chania. Das ist eine schroffe Schlucht mit steilen Gefällen, niedriger Vegetation und großer Öffnung in seiner Länge.
