Rethymnon beherbergt mehrere zugängliche schöne Schluchten. Die berühmteste ist die Schlucht Kourtaliotiko, in der der Fluss Megalos fließt, der am schönen Strand von Preveli mit dem verträumten Palmenhain endet. Die Schlucht hat die größte Menge an Wasser in Kreta und der Fluss, der entlang seines Bettes, von den Quellen bis zum Strand fließt, ist ein spannendes Erlebnis. Zu den anderen wanderfreundlichen Schluchten von Rethymnon gehören die Zwillings-Kollita-Schluchten im Gebiet von Argyroupolis, die Schlucht Kotsifos von Plakias, die Schlucht des Heiligen Antonius in Patsos, die Schlucht Prasano und die Schlucht Platania. Neben der Stadt von Rethymnon gibt es die üppigen Schluchten von Myli, Vederi und Gallos.
Petres Schlucht 
Petres Schlucht ist 13km westlich von Rethymno und ihr Mund ist auf dem Strand von Episkopi gelegen. Der Fluss der Schlucht wird von den Gewässern der Kollita Schluchten und der Umgebung gefüllt, die fast die Hälfte der Präfektur Rethymnon bedeckt. Sie hat das ganze Jahr über Wasser und bildet ein wichtiges Feuchtgebiet von Kreta, besonders an ihrem Mund in der Nähe von Episkopi.
Die Arkadi Schlucht beginnt nördlich des Arkadi Klosters und nach einer zweistündigen Strecke von 2 Stunden (einige Teile entlang des Bettes der Schlucht, wie sie unzugänglich ist) endet sie in der Nähe des Dorfes Pikris, wo die Besucher wichtige venezianische Baudenkmäler bewundern können.
Kollita Schluchten, d.h. Zwillingsschluchten, befinden sich in der Nähe des malerischen Dorfes Argyroupolis, etwa 22 km südwestlich von Rethymnon Stadt. Sie werden so benannt, da sie aus zwei parallelen Schluchten bestehen, die in der Nähe der Kato-Poros-Siedlung enden und beide Teil des europäischen Fernwanderwegs E4 sind.
1,5 km östlich von Spili, neben der Hauptstraße, die Spili mit Agia Galini verbindet, treffen Sie die Kapelle von Agia Fotini, auch bekannt als Agia Fotia. Neben der Straße finden Sie die Quellen von Agia Fotia, eine alte Mühle und einen ziemlich hohen Wasserfall (im Winter).
Margarites ist ein Dorf, das für seine wunderbare Architektur und die traditionelle Töpferei bekannt ist. Im größeren Gebiet der Dörfer von Margarites, Orthe und Eleftherna, erscheint eine Reihe von kleinen, parallelen Schluchten. Kleine Flüsse wie Margaritianos fließen nach Norden und sind Nebenflüsse des Geropotamos. Die Schluchten werden in weiß-gelb-marly Kalkstein der Oberen Miozänzeit (vor 8-10 Millionen Jahren) aufgrund der Erhebung der gesamten Fläche und der Erosion durch Wasser entwickelt.
Die Schlucht von Zoniana befindet sich südlich von Zoniana Dorf. Beginnend auf einer Höhe von 950m, endet sie am Dorf auf einer Höhe von 650m. Durch die Schlucht führt die "Serpentine" Oaxis Fluss, der das Wasser bis zum Frühling hat. Die Schlucht ist leicht zugänglich und ist sicher für das Wandern, da die Piste klein ist.
Die Schlucht der Schwalben liegt 33 km südlich der Stadt Rethymno, neben dem berühmten Strand von Preveli mit dem majestätischen Palmenhain und dem atemberaubenden Fluss. Sie beginnt in der Nähe des Dorfes Drymiskos, verläuft fast parallel zur Schlucht von Kourtaliotiko (die von Preveli) und endet am Strand von Drymiskiano Ammoudi. Ihr Name wird nach den Schwalben, die in die Gegend jeden Sommer kommen, genommen.
Platys (d. h. Breiter) Fluss ist einer der Flüsse von vorrangiger Bedeutung auf Kreta, der das ganze Jahr über fliesst. Er sammelt fast alle Wassermengen des Amari Tals und führt sie am Strand von Agia Galini. An einem geheimen Ort zwischen den Siedlungen Agia Paraskevi, Vyzari und Petrohori wird der breite Fluss eng und bildet zwei eindrucksvolle Schluchten.
