Die Provinz Milopotamos beherbergte viele kleine Klöster und Einsiedeleien. Die zerklüftete Küste beherbergte viele asketische Zentren, die später aufgrund der Bedrohung durch die Piratenüberfälle in das innere Land verlegt wurden.
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Kloster Agios Panteleimon in Fodele 
Das Kloster von Heil. Panteleimon liegt 25 km westlich von Heraklion und 3 km südlich von Fodele, in einem bewaldeten Gebiet von Orangen- und Olivenhainen. Das Kloster wurde mit Festungsarchitektur gebaut. Heute haben ein Teil der Mauern und der schöne Eingang zum Kloster überlebt.
Arkadi Kloster befindet sich in der Nähe des Dorfes Amnatos, 23 km östlich von Rethymno. Es wird auf einer Höhe von 500m gebaut, auf einem fruchtbaren Plateau mit Olivenhainen, Weinbergen, Pinien, Zypressen und Eichen. Um das Kloster herum gibt es mehrere malerische Kapellen und von dort aus beginnt die wunderschöne Arkadi Schlucht.
Das Kloster befindet sich im Dorf Margarites, 30 km südlich von Rethymno und wurde im späten 15. bis Anfang des 16. Jahrhunderts erbaut. Das ist eine Abhängigkeit von dem Kloster von Karakalou bei Athos. Sein Gründer gehörte der venezianischen Familie Dandolo. Vor dem schönen Tor befindet sich ein Grab, das mit dem Wappen von Dandolo geprägt ist, bis heute in sehr gutem Zustand bewahrt wird.
Das Kloster des Heiligen Kreuzes in Vosako wurde in einem kleinen Plateau zwischen den Gipfeln Koutroulis und Mesokofinas der Talean Berge, 50 km östlich von Rethymno, gebaut. Das Kloster kann mit dem Auto über das Dorf Doxaro erreicht werden und die raue Landschaft ist erstaunlich. Es gibt eine zweite Straße von Sisses Dorf.
Das Kloster Christi, des Erlösers von Halepa, liegt auf einem hohen Hügel in der Nähe der Dörfer Tsahiana und Veni, 46 km östlich von Rethymno. Die Aussicht auf das Tal von Mylopotamos ist panoramisch. Vor 2000 war das Kloster eine Reihe von Ruinen, heute ist das restaurierte Kloster normal und ist eines der schönsten Klöster auf Kreta.
Das Kloster von Diskouri liegt 43 km östlich von Rethymnon und gilt als eines der ältesten Klöster auf Kreta. Sein Alter wird durch die nahe gelegene, reich verzierte byzantinische Kirche Hl. Johannes belegt. Der Komplex, der heute von dem Kloster von Halepa besessen wird, wird vermutlich über einem alten Tempel von Dioscuri gebaut, aber das ist nicht bewiesen.
Das Kloster Attali oder Bai liegt über dem Hügel von Agia Ypakoi, westlich von Bali, mit Panoramablick auf das Meer und in der Nähe der Hauptstraße, die Rethymnon mit Heraklion verbindet. Die Region wurde bis 1970 isoliert, als die Autobahn gebaut wurde, und so kamen Mönchtum und Askese bis dahin.
Kirche des Heiligen Johannes bei Margarites 
Die Kirche von Hl. John befindet sich im Zentrum von Margarites und ist eine einschiffige gewölbte Kirche. Unter dem Putz wurden Fresken von 1383 enthüllt.
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