Besonders in der reichen venezianischen Ära wurden in Heraklion glänzende Kirchen sowie männliche und weibliche Klöster gebaut. Der Sitz des lateinischen Erzbischofs war die Kirche des Apostels Titus, die während der zweiten byzantinischen Periode und später erbaut wurde. Heraklion beherbergt heute die Erzdiözese Kreta, die unter der Zuständigkeit des Ökumenischen Patriarchen in Konstantinopel tätig ist.
Byzantinische Sammlung von Hl. Catherine 
Das Museum der byzantinischen Ikonen und Relikte der Erzdiözese Kreta liegt in der venezianischen Kirche der Hl. Katharina von Sinai, im Zentrum von Heraklion und neben der Kathedrale von Hl. Minas.
Hl. Matthäus Kirche 
Die orthodoxe Kirche von Agios Mattheos (Hl. Matthäus) von Sinai wurde 1508 auf den Ruinen einer früheren byzantinischen Kirche gebaut. Dies war der wichtigste christliche Tempel nach der Eroberung Kretas durch die Türken, als die Türken das Kloster von Agia Aikaterini vom Sinai in eine Moschee verwandelten. So verlegten die Sinaitermönche das Kloster nach Hl. Matthäus.
Während der zweiten byzantinischen Periode, als die größte und wichtigste offizielle Kirche in der Stadt Chandax war, wurde Hl. Titus Sitz der neuen orthodoxen Diözese von Kreta. Die Venezianer installierten später einen katholischen Erzbischof und bauten die Kirche in eine katholische Kathedrale um.
In den Inventaren der Chandax Kirchen in venezianischer Zeit wird auf die Kapelle des hl. Minas und die Jungfrau Maria Pandanassa verwiesen. Nachdem sie viele Jahre lang in Vergessenheit geraten war, wurde sie 1735 zur Kathedrale umgebaut und diente von da an als Hauptzentrum der orthodoxen Gläubigen im osmanischen Chandax (heutige Stadt Heraklion).
Die neue Kathedrale wurde neben der kleinen Kirche errichtet, die dem heiligen Minas und der Darstellung Christi gewidmet wird (heute bekannt als "Kleiner Heiliger Minas"). Auch sie wurde dem Heiligen Minas geweiht, dem Schutzheiligen und Beschützer von Megalo Kastro, der die Legende mit Tradition und Stadtgeschichte verbindet.
Die Kirche Hl. Peter und Paul wurde in den ersten Jahren der venezianischen Herrschaft erbaut und diente als Haupttempel des Dominikanerklosters (Domenicani Predicatori). Das ist eines der ältesten Baudenkmäler der Zisterziensermönche im 12. Jahrhundert, sowohl in Europa als auch in Griechenland.
Die Jungfrau Maria der Kreuzfahrer (Crosecchieri) an der heutigen Markou Moussourou Str. war Teil des lateinischen Ritus Kapuzinerklosters. Die Kirche war von Klostergebäuden und Gästezimmern für Pilger und Besucher auf ihrem Weg ins Heilige Land umgeben.
