В XVII веке, окончательно основавшись в Константинополе, турки-османы начали завоевывать новые территории. Крит вскоре привлек их внимание из-за удачного расположения в Средиземном море.
После ожесточенных боев османы заняли Ханью в 1645 году и Ретимно в 1646. Однако последняя крепость — замок Кандии — оставался во власти венецианцев до 1669 года и сдался только после 21 года осады. Падение Кандии ознаменовало начало трагического периода в истории христианского Крита.
Местные жители неоднократно поднимали восстания простив османской власти. Освобождение «Матери Греции» в 1821 году возродило в сердцах критян надежду на обретение свободы. А после Великой критской революции 1866–1869 годов и геноцида в монастыре Аркади и на плато Лассити казалось, что до освобождения уже рукой подать. Однако потребовалось еще несколько трудных лет, чтобы добиться автономии Крита в 1898 году и воссоединения с Грецией в 1913.
Осада крепости Кандии османами (1648–1669) считается самой продолжительной осадой в мировой истории.
