Маяк в Элафониси расположен на окраине популярного полуострова с прекрасными пляжами, на юго-западной окраине округа Ханья. Нынешняя металлическая конструкция маяка была установлена после войны, так как старый каменный маяк был уничтожен немецкими бомбардировщиками.
Маяк в Элафониси был построен в 1920 году. Решение о его строительстве было принято после трагического проишествия. В феврале 1907 года потерпел крушение в этом районе австрийский океанский лайнер «Imperatrix», налетев на скалы, с 182 пассажирами и членами экипажа на борту. Во время крушения погибли 38 человек, которые были захоронены на острове.
Каменный маяк был довольно высоким, с 144 ступеньками. Вокруг него были построены вспомогательные помещения: резервуар для хранения воды, дома и пекарня для смотрителей маяка. Раз в год, летом, грузовое судно «Орион», привозило топливо для маяка. В 1924 году смотрителем маяка был назначен российский морской офицер Николай Николаевич Философов, который в 1907 году был командующий российским судном «Хивинец», помогавшем в спасении потерпевших кораблекрушение.