Was macht Koufonissi Insel der Sitia Provinz ein wirklich interessanter Ort, sind die ganz besonderen Landschaften in jeder Ecke. Eine davon ist die unbekannte Wüste von Koufonisi, ein wirklich seltsames Phänomen in Griechenland. Die Wüste liegt im Zentrum der Insel, auf einer Höhe von 30-50 Metern und ein wenig nördlich des Weges, der das antike Theater zum antiken Tempel und zum Leuchtturm vereint.
Die Wüstenregion trägt den Ortsnamen Elia von einem jahrhundertealten Olivenbaum, dem einzigen Baum in der Gegend und er ist einer der 4 Olivenbäume (!), die wir auf der ganzen Insel treffen. Die Existenz dieser geheimen Wüste auf jedem Strand der Insel zeigt, wie nah die Insel auf dem afrikanischen Klima und Kontinent liegt. Diese unerwartete Wüstenlandschaft nimmt eine Fläche von mehreren Hektar ein. Sie wird meist von Wüstensand und hohen Dünen mit Büschen bedeckt. Zwischen den Dünen und den wenigen Büschen der Gegend finden viele Eidechsen Schutz.
Extreme Wetterbedingungen mit starkem Wind und verlängerter Dürre für viele Monate des Jahres haben ihre Spuren auf die Form der Büsche hinterlassen, die dazu neigen, seitwärts zu wachsen, anstatt nach oben. Der einfachste Weg, um die Wüste Elia zu erreichen, ist die durch die Spur, die von der Kirche von Agios Nikolaos beginnt und zum Leuchtturm führt. Das Ökosystem in der Wüstenregion ist eigentlich sehr sensibel und jeder Versuch, sich dem Gebiet zu nähern, sollte mit großer Sorgfalt und Respekt der Besucher gemacht werden.