Der schmale, aber oft wellenförmige Sandstreifen, der die Inseln von den gegenüberliegenden Küsten von Kreta trennte, war kein Hindernis für die fortdauernde Gegenwart des Menschen in der Antike. Der alte Name Lefki (bedeutend weiß) wurde durch das Glitzern von weißem Kalkstein und Mergel im Sonnenlicht gegeben.
Koufonissi war ein Wirtschafts- und Kulturzentrum vom Minoischen bis zur griechisch-römischen Zeit und wurde von allen großen Städten der Region beansprucht. Wie auf der Inschrift der Magnites, die derzeit an der Fassade der Toplou-Klosterkirche eingebettet sind, aufgezeichnet wurde, gab es einen großen Streit zwischen Itanos und Ierapytna über die Insel Lefki. In 132BAD war die Insel im Besitz von Itanos.
Die Geschichte der Inseln ist untrennbar mit der Schwammfischerei und der Verarbeitung des tyrianischen Purpurs verbunden, der rote Farbstoff der Alten und Byzantiner, der von der Gastropode (Murex brandaris) extrahiert wurde. Wie Aristoteles und Plinius sagen, wurden im frühen Herbst oder im Winter lebende Muscheln gesammelt und dann in Töpfe gelegt, bis viele von ihnen versammelt wurden, weil jede Schale nur einen Tropfen Farbstoff produzierte. Danach wurden die kleineren Schalen mit Steinen gebrochen. Die größeren Mollusken wurden durchbohrt und dann wurde eine kleine Drüse namens "Blume" extrahiert. Dann setzten sie die milchige Flüssigkeit in Salz, fügten ein wenig Essig hinzu und ließen das im Sonnenlicht liegen. Seine Farbe wurde rot von gelb und wurde dann verdünnt oder mit Kochen verdichtet. Der Farbstoff, der tyrianische Purpur, wurde zu dieser Zeit verkauft, als er in Silber wog. Wenn sie Hyazinthenblüten hinzugefügt haben, war die Farbe violett, aber sie wurde von minderer Qualität betrachtet.
Im Jahr 1976 begannen Ausgrabungen auf der Insel und brachten erstaunliche Erkenntnisse in Licht. Am nordwestlichen Rand der Insel, bei Anemertia, gegenüber der Marmara-Insel, und nur wenige Schritte vom Strand entfernt, zeigten die Ausgrabungen ein gut erhaltenes Steintheater, dessen Auditorium nur auf der Westseite beschädigt wurde, während ein großer Teil der zentralen Sitze ist völlig im Osten und Süden des Theaters verschwunden, so zeigten die Ausgrabungen eine Siedlung, die zerstört wurde. Das bedeutendste Gebäude der Siedlung nach dem Theater ist das imposante Gebäude der öffentlichen Bäder (Bali neae), das vom 1. bis zum 4. Jh. Jahrhundert genutzt wurde. Im südlichen Teil der Insel wurde ein Tempel gefunden, der leider unter räuberischen Plünderungen von den Behörden (1920) gelitten hat, um einen riesigen Leuchtturm zu bauen, nur 5m von der östlichen kurzen Seite des Tempels, wo der Eingang würde, obwohl ein anderer abgestufter Eingang auf der Nordseite gefunden wurde.