Die Sammlung der minoischen Antiquitäten im Archäologischen Museum von Heraklion ist die größte in der Welt und das Museum gilt als das wichtigste Museum der minoischen Zivilisation. Das ist eines der größten und bemerkenswertesten Museen Griechenlands und eines der bedeutendsten in Europa.
Das Museum der alten Eleftherna ist das erste Museum in einer archäologischen Stätte auf Kreta, da es sich neben der alten Stadt Eleftherna befindet. Die drei Räume des Museums beherbergen die ganze Geschichte von Eleftherna von 3000 v. Chr. bis 1300 n.Chr. mit alltäglichen Gegenständen und Kunstwerken.
Das Archäologische Museum von Rethymnon ist seit 1991 tätig. Bis 2015 wurde es im fünfeckigen Fortgebäude untergebracht, gegenüber dem Haupttor der Festung Fortezza. Dieses Gebäude wurde von den Osmanen gebaut, um den Eingang zum Schloss zu schützen.
Das Archäologische Museum von Chania befindet sich im historischen Viertel Halepa in der Stadt Chania, im ehemaligen Lager Hatzidakis.
Das Archäologische Museum von Agios Nikolaos wurde 1970 gegründet und beherbergt Erkenntnisse aus der Jungsteinzeit, der minoischen Zeit und der griechisch-römischen Zeit aus der Präfektur Lassithi.
Das archäologische Museum von Kissamos wurde 2005 gegründet und befindet sich im venezianisch-türkischen Denkmal, bekannt als Diikitirio ("Hauptquartier"). Seine Exponate bilden ein Längsbild der Geschichte der Region von der Vorgeschichte bis zur Spätantike, d.h. die frühen christlichen Zeiten.
Das Archäologische Museum von Sitia ist seit 1984 tätig und beherbergt die bedeutendsten archäologischen Funde aus dem östlichen Kreta (von Sitia, Palekastro, von Inseln Mochlos und Psira, von der Nekropole Hl.. Georg, dem Palast von Zakros, der hellenistischen Stadt Xerokambos, Ziros, Makrigialos, der Insel Lefki und alter Itanos).
Die archäologische Sammlung von Ierapetra begann im späten 19. Jahrhundert, als ihre Antiquitäten-liebenden Bewohner die Erziehungsvereinigung von Ierapetra gründen, derer Zweck es war, die Antiquitäten der Region zu sammeln und zu bewahren, sowie eine Museumsammlung zu schaffen.
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