Eine der berühmtesten Legenden der kretischen Mythologie ist die des Minotaurus und seines Kampfs mit Theseus im dunklen Labyrinth. Dieser Mythos wird in diesem Artikel vorgestellt. Nach der Legende, hat der König von Knossos, Minos, einmal Poseidon gebeten, ihm ein Zeichen zu schicken, um anzudeuten, dass er der einzige war, der der König von Knossos sein sollte (gegen seinen Bruder Radamanthys). Poseidon schickte ihm einen sehr schönen weißen Stier und bat ihn, sich zu Ehren von sich selbst zu opfern. Minos, überrascht von der Schönheit des Tieres, beschloss, Poseidon zu täuschen und einen anderen Stier in seiner Position zu opfern. Doch Poseidon erkannte, was passiert war, und in der Vergeltung provozierte die Liebe von Minos Frau, Pasiphae, mit dem Stier.
Der verzweifelte Pasiphae fragte die Hilfe von Daedalus, der eine Holzkuh, Damalis, baute und sie mit echtem Rindsleder bedeckte. Pasiphae trat in das Kuhmodell und der "getäuschte" Stier mit ihr zusammen. Von diesem unnatürlichen Geschlechtsverkehr wurde der berühmte Minotaurus geboren, ein Monster mit einem menschlichen Körper und einem Stierkopf, der auf menschlichem Blut gefüttert wurde.
Als er das Monster sah, bat Minos von Deadalus, ein dunkles Labyrinth mit endlosen Korridoren zu bauen, wo der Minotaurus geschlossen würde. So baute Daedalus das Labyrinth, ein komplexes Netzwerk von Galerien. Jeder, der dort hineingehen würde, konnte den Ausgang nicht finden. In der Tat glauben viele, dass die Höhle des Labyrinths in der Messara Ebene war.
Sobald der Sohn von Minos, Androgeos, an den Panathenean Spielen teilnahm, wo er einige Rennen gewann. Einige neidische athenische Athleten töteten Androgeos, damit er nicht die restlichen Spiele gewinnen konnte. Nach dem Erlernen des Neuen erklärte Minos den Krieg gegen Athen und besiegte sie. In der Vergeltung für den Tod seines Sohnes zwang er sie, auf Kreta zu schicken, alle neun Jahre, sieben junge Männer und sieben junge Frauen, die vom Minotauren gefressen wurden. Die jungen Leute wurden in das dunkle Labyrinth geworfen, wo sie ziellos wanderten, bis Minotaurus sie finden würde.
Der Sohn des Königs von Athen Aegeas, Theseus, konnte diese Demütigung nicht ertragen und bat, einer der Leute zu sein (zum dritten Mal), die versuchen würden, den Minotaurus im dunklen Labyrinth zu töten. So kam er auf Kreta an, wo er die Tochter von Minos, Ariadne, traf, mit der er sich verliebte. Ariadne gab ihm einen Ball von Faden (bekannt als Ariadne Faden) und riet ihm, seinen Rand des Eingangs des Labyrinths zu binden, so dass dann, nachdem er den Minotaurus getötet hatte, er den Ausgang finden konnte.
Theseus ging in die dunklen Tunnel, die den Faden hielten, und schaffte es, den Minotaurus zu töten, indem er seinen Kopf abschneiden ließ und damit ein endgültiges Ende der Blutsteuer von Minos gab. Dann gelang es ihm, den Ausgang zu finden, indem er dem Faden folgte.
Theseus nahm Ariadne und die anderen Athener mit ihm und setzte Segel nach Athen. Auf der Reise machten sie einen Halt auf der Insel Naxos, wo sie gepaart hatten (und später Ariadne zwei Söhne wurden geboren). In der Nacht sah Theseus einen Traum, in dem der Gott Dionysos erschien und ihm sagte, dass er die Insel ohne Ariadne verlassen musste, da sie seine Frau werden sollte. Tatsächlich blieb Ariadne auf Naxos und hatte mit Dionysos verheiratet. Dionysos brachte ihn später zum Olymp, so dass die sterbliche Ariadne unsterblich wurde.
Nach dem Verlassen Kretas haben die Athener vergessen, die schwarzen Segel auf ihren Schiffen zu weiß zu wechseln (die schwarze symbolisierte Trauer um verlorene Jugend). Als er Athen näherte, sah Aegeas die schwarzen Segel und dachte, dass sein Sohn Theseus getötet wurde. So fiel er vom Kap Sounion und ertrank. Nach dieser Veranstaltung wurde das Meer von Griechenland zum Ägäischen Meer ernannt.
Es wurden verschiedene Optionen für die Interpretation des Mythos von Theseus gegeben, von denen einer in dem Artikel über das Höhlen-Labyrinth in Messara diskutiert wird. Wahrscheinlich heißt es, dass der Mythos das Ende des menschlichen Opfers in der minoischen Zivilisation symbolisiert (Opfer wurden durch archäologische Beweise bestätigt). Eine andere Erklärung ist, dass sie die Befreiung der Griechen von der Herrschaft des minoischen Kreta symbolisiert.