Die Höhle von Fragantonis liegt 700m süd-südwestlich von Malia, am Fuße des Berges Volakias, auf einer Höhe von 20m und unterhalb der neuen Autobahn. Die Höhle hat zwei Eingänge: einen niedrigen und einen anderen von ihrem Dach. Der niedrige sieht nach Norden, mit einer Breite von etwa einem Meter, aber der Zugang von dort ist ein bisschen schwierig wegen der Steine, die durch das Regenwasser gebracht werden.
Vom Eingang wird ein Korridor von 2 Metern gebildet und auf der rechten Seite ist ein Riss, pechschwarz vom Feuer. Wenn wir bergab klettern, gibt es ein ovales weisses Zimmer aus Kalkstein mit Abmessungen von 16m x 10m. In der Mitte gibt es ein beeindruckendes Volumen aus Steinmaterial mit hellem natürlichem Dekor. Eine Art von dreistöckiger Säule, 4m hoch, zieht sofort das Auge.
Der Boden ist mit Schmutz und Kies bestreut, weil die Höhle als Schutz für Soldaten im Jahr 1944 verwendet wurde. Er enthält Knochen und Zähne der Tiere und Töpferwaren, Scherben unbekannten Alters. Um die Höhle herum gibt es viele Töpferscheiben und sie könnten in hellenistischer und römischer Zeit verwendet werden. In der Nähe, östlich der Höhle, gab es eine Ansiedlung der frühen minoischen Ära.