Die Existenz zahlreicher Höhlen ist untrennbar mit der schroffen Topographie von Kreta verbunden. Die Menschen lebten in Höhlen vor Tausenden von Jahren, wie durch die prähistorischen Schnitzereien in der Höhle Skordilakia von Asfendou belegt wurde. Darüber hinaus wird die heutige religiöse Tradition in den Höhlen die kavernöse Kapellen beherbergt, eine Evolution der Anbetung der alten Götter in Höhlen.
Polyphem Höhle 
Die Höhle des Zyklops Polyphem liegt zwischen den Sougia und Koustogerako Siedlungen. Die Höhle hat keine interessante Einrichtung, sondern eine Marmorformation, die an einen Thron erinnert. Der Eingang wird in zwei von einem großen Felsen geteilt, wie der Felsen, der von Odysseus in die Höhle von Polyphemus gesetzt wurde, dem einäugigen Kannibalen Zyklopen, bevor er ihn mit einem großen Holzstab blenden würde.
Die Strandpromenade von zentraler Asteroussia Range, von Tsoutsouras bis Tripiti im Süden von Heraklion, verbirgt die (geologisch) spannende und interessante Landschaft aller Kreta. Obwohl sie von keiner kommerziellen Webseite oder einer anderen Quelle gefördert wird, ist diese der interessanteste geologische Ort auf Kreta, zusammen mit der bergigen Wüste von Sfakia.
Heute beherbergt die Höhle die schöne Kirche des hl. Antonius, des Schutzpatrons der Kinder, die sich unter den Dächern der Schlucht befindet. Die Höhle und die Schlucht können besucht werden, da die Direktion für Forstwirtschaft das Gebiet organisiert hat.
Die Höhle Trapeza, auch bekannt als Kronion Höhle, befindet sich zwischen dem Dorf Marmaketo und Tzermiado, in Lassithi Plateau, auf einer Höhe von 860m. Sie liegt in der Nähe der Nebenstraße, die Marmaketo mit der Tzermiado Schule verbindet. Es gibt Zeichen, die zur Höhle führen, sowohl in Tzermiado als auch in Marmaketo. Ein Pfad mit Stufen, versteckt in Bäumen, führt zur Höhle nach Aufstieg für 5'. Der Eingang zur Höhle ist ganz unerkennbar und der Blick auf das Lassithi Plateau ist dort herrlich.
Die Höhle von Hl.. Johannes dem Einsiedler oder Xenos in der Avlaki Schlucht, in Akrotiri, liegt nur wenige hundert Meter von der Höhle Arkoudospilios entfernt. Diese liegt in der Nähe des verlassenen Katholiko Klosters und Gouverneto Klosters. Sie war ein Flussbett mit einer Gesamtlänge von etwa 135 Metern. Ihre reiche Dekoration zeichnet sich durch große Stalaktiten und Stalagmiten aus.
Arkoudospilios (Bärenhöhle) oder die Höhle von Panagia Arkoudiotissa befindet sich in der Avlaki Schlucht von Akrotiri (Chania), 2 km nördlich des Gouvernetou Klosters, in der Schlucht, die Gouvernetou mit dem Katholiko Kloster verbindet. Die Höhle ist bekannt für den bärenförmigen Felsen, der die Höhle zu einem Ort der Anbetung der alten Göttin Artemis machte.
Tzanis Höhle oder Katavothra oder Chonos, befindet sich in Omalos Plateau in Chania. Der erforschte Teil erreicht 3000m, wird aber in späteren Expeditionen vergrößert. Die Höhle hat das Interesse der ausländischen Touristen seit 1865 angehoben. Seit 1961 erkunden Höhlengruppen verschiedener Nationalitäten die Höhle.
Die Höhle von Vreiko liegt etwa 2 km nordöstlich des Dorfes. Sie ist eine Höhle und Schlucht und die bekannte Tiefe ist 25-30 Meter. Der Eingang ist eine offene und flache Stelle, die wie eine Tenne aussieht. Im Eingang gibt es Treppen, die den Eingang und Ausgang in die Höhle einfacher machen.
