Die Provinz Rethymnon beherbergt immer noch eine große Anzahl von Klöstern und inaktiven Klöstern, die größtenteils während der venezianischen Ära blühten, d. h. vor dem Fall von Rethymnon 1646 durch die Osmanen. Das Gebiet um die heutige Stadt war ein sehr wichtiges religiöses Zentrum.
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Arsaniou Kloster 
Arsaniou Kloster, im 16. Jahrhundert gegründet, befindet sich in der Nähe von Pagalochori Dorf, 11 km östlich von Rethymnon, in einer Lage mit Panoramablick auf das Kretische Meer. Die Kirche des Klosters wird dem Hl. Georg gewidmet und ist eine kreuzförmige Basilika mit Kuppel.
Das Kloster von Aghia Irini (Heilige Irene) wurde auf einer Höhe von 260m am Fuße des Berges Vrisinas gebaut, etwa 5 km südlich von Rethymnon. Das ist ein Kloster und ist eines der ältesten Klöster auf Kreta, die vor 1362 erbaut wurden.
Das Kloster Jesu Christi (Christus der Erlöser) wurde auf dem Hügel von Timios Stavros gebaut, im westlichen Vorort von Rethymnon, genannt Koumbes. Das Kloster wurde vermutlich ursprünglich während der venezianischen Zeit gegründet, wie mehrere Klöster und Tempel in der Region.
Das Kloster des Propheten Elijah (Profitis Elias) liegt oberhalb eines Hügels mit Panoramablick, 20 km südlich von Rethymno, neben dem Dorf Roustika. Das ist ein relativ unbekanntes Kloster auf Kreta, obwohl es im venezianischen Zeitalter gegründet wurde und zu den historischen Klöstern der Insel gehört.
Kirche von Panagia in Kyrianna 
Die Kirche der Panagia (Jungfrau Maria) befindet sich im Zentrum des Dorfes Kyrianna und ist der Mariä Himmelfahrt gewidmet. Die ursprüngliche Kirche (11. Jahrhundert) war ein kreuzförmiger Tempel mit einer Kuppel und sah aus wie die Kapelle des Heiligen Paulus in Sfakia.
Am Eingang des beeindruckenden Dorfes Chromonastiri treffen wir Hl. Eftychios. Wenn wir der unbefestigten Straße folgen, kommen wir zur zerstörten Siedlung Perdiki Metohi. Perdiki Metohi ist ein typisch bäuerliches Dorf, das heute von vielen verfallen ist, die wir auf Kreta treffen.
Die zweischiffige Kirche von Panagia Katochoriani oder Levadiotissa in Roustica ist der Himmelfahrt der Jungfrau und der Verklärung Christi gewidmet. Sie wurde vermutlich im 12. Jahrhundert als einschiffige Kirche der Jungfrau Maria gegründet und 1627 wurde ein zweiter Gang an den bestehenden Tempel angebaut.
Das Kloster Panagia Antifonitria befindet sich im Dorf Miriokefala, 29 km südlich von Rethymno. Das Kloster funktioniert heute nicht und ist eines der ältesten Klöster auf Kreta. Es soll im 11. Jahrhundert von Hl. John Xenos oder Einsiedler gegründet worden sein. Hl. John ist bekannt für die Gründung mehrerer kleiner Klöster auf der Insel.
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