Η επαρχία Ρεθύμνου εξακολουθεί να φιλοξενεί μεγάλο αριθμό μοναστηριών και ανενεργών μονών, που ήκμασαν κυρίως την Ενετική Περίοδο, δηλαδή πριν την άλωση του Ρεθύμνου το 1646 από τους Οθωμανούς. Η περιοχή κοντά στην πόλη αποτέλεσε ένα πλούσιο θρησκευτικό χώρο.
Μονή Αρκαδίου 
Η Μονή Αρκαδίου βρίσκεται κοντά στο χωριό Αμνάτος, 23km ανατολικά του Ρεθύμνου. Είναι κτισμένη σε υψόμετρο 500m, πάνω σε ένα εύφορο υψίπεδο με ελαιώνες, αμπελώνες, πεύκα, κυπαρίσσια και πρίνους. Γύρω από το μοναστήρι υπάρχουν πολλά γραφικά εξωκλήσια.
Η Μονή Προφήτη Ηλία Ρουστίκων βρίσκεται σε ένα ψηλό λόφο με πανοραμική θέα, 20km νότια του Ρεθύμνου, δίπλα στο χωριό Ρούστικα. Είναι ένα σχετικά άγνωστο μοναστήρι της Κρήτης, παρόλο που έχει ιδρυθεί από την εποχή της Ενετοκρατίας και είναι από τα ιστορικότερα στο νησί.
Η γυναικεία μονή του Σωτήρος Χριστού είναι κτισμένη στον λόφο του Τιμίου Σταυρού, στο προάστιο του Κουμπέ Ρεθύμνου. Η μονή πιθανόν ιδρύθηκε κατά την Ενετοκρατία, όπως κι όλα τα υπόλοιπα μοναστήρια και ναοί της περιοχής, αλλά δεν υπάρχουν στοιχεία.
Η μονή της Αγίας Αναστασίας της Ρωμαίας, η πρώτη στην Ελλάδα μονή αφιερωμένη σε αυτήν, ιδρύθηκε το 2008 και άρχισε τη λειτουργία της τον Ιούλιο του 2009. Εκτός από τον κύριο ναό της Αγίας Αναστασίας που εορτάζει στις 29 Οκτωβρίου, υπάρχει το παρεκκλήσι του Αγίου Κοσμά του Αιτωλού.
Η Μονή Αγίας Ειρήνης είναι σκαρφαλωμένη σε υψόμετρο 260m στους πρόποδες του όρους Βρύσινα, περίπου 5km νότια του Ρεθύμνου. Είναι γυναικείο μοναστήρι κι ένα από τα παλαιότερα της Κρήτης, χτισμένο πριν το 1362.
Μονή Αγίου Παύλου στο Γάλλο 
Η μονή του Αγίου Παύλου βρίσκεται στον οικισμό του Γάλλου, κοντά στο Πανεπιστήμιο Κρήτης. Η αναστηλωμένη σήμερα μονή, για την οποία δεν διασώζονται πληροφορίες για την ιστορία της, αποτελεί μετόχι της Μονής Αρκαδίου.
<pΑν και οι παλαιότερες μαρτυρίες για τη μονή Αυγουστιανών μοναχών, ένα από τα πιο σημαντικά μοναστικά καθιδρύματα των βενετών, ανάγονται στο β’ μισό του 16ου αιώνα, εν τούτοις είναι σχεδόν βέβαιο ότι η μονή ιδρύθηκε σε αρκετά πρωιμότερη περίοδο. Σήμερα είναι γνωστό ως Νερατζέ Τζαμί.
Η μονή Παναγίας Αντιφωνήτριας βρίσκεται μέσα στο χωριό Μυριοκέφαλα, 29km νοτιοδυτικά του Ρεθύμνου. Το μοναστήρι δεν λειτουργεί πλέον και ανήκει στα αρχαιότερα μοναστήρια της Κρήτης, καθώς λέγεται ότι ιδρύθηκε τον 11ο αιώνα από τον Άγιο Ιωάννη τον Ξένο. Ο Ιωάννης είναι πολύ γνωστός για την ίδρυση μονυδρίων σε όλη την Κρήτη.
