История Миртоса насчитывает тысячелетия, начиная с минойского Крита. Заселенный в первый минойский период (ок. 2800-2000 до н.э.), как говорят археологи, раскопавшие и изучившие область. Рядом с Миртосом раскопаны два важных минойских поселения: Фурнос Корифи – один из наиболее ранних поселений на Крите (2800-2200 до н.э.) и Пиргос, процветавший немного позже (2200-1450 до н.э.).
Часть находок с этих участков дополняют фольклорную и историческую секции превосходного деревенского музея, расположенного около церкви.
Пиргос расположен в восточном выходе из Миртоса, где археологи раскопали большой двух или даже трехэтажный дом, относящийся к эпохе новых дворцов, находится на небольшом холме, туда ведет тропинка, отмеченная белым камнем.