После освобождения Крита от арабов Никифором Фокой в 961 году н. э. начался период возрождения, о котором свидетельствуют многочисленные памятники и который продолжался и после прихода венецианцев.
Именно тогда было основано большинство ныне действующих малых и крупных монастырей. Они выполняли не только религиозную функцию, но и сыграли важную роль в борьбе критян против захватчиков, особенно после завоевания Крита Османской империей.
Монастыри были единственным местом, где христиане могли найти убежище и подготовить военные операции. Заподозрив, что монахи поддерживают повстанцев, османы разрушили несколько монастырей, служивших крупными революционными центрами.
Даже сегодня посетителей поражает рассказ о геноциде в монастыре Аркади в 1866 году. Осажденные христиане решили взорвать бочки с порохом, чтобы не сдаваться в плен османам. Похожие истории о событиях тех времен можно услышать во многих монастырях.
Монастырь Фанеромени, Гурниа 
Монастырь Девы Марии Фанеромени’, действующий мужской монастырь, расположенный в лоне первозданной природы, считается одним из важнейших паломнических мест на восточном Крите.
Уже пятый век существует монастырь Кремастон, посвященный архангелам Михаилу и Гавриилу, который внес большой вклад в развитие местной общины, особенно в годы оттоманского господства (Псилакис, 1994, т.1, с. 418), когда в нем тайно была организована школа. Надпись над входом в кафоликон говорит о том, что он был основан в 1593 г. иеромонахом Митрофаном Агапитосом.
Женский монастырь Пресвятой Богородицы в Куфи Петра посвящен Благовещению Богородицы и, согласно письменным источникам, был основан в 1866 г. на месте когда-то существовавшего монастыря, от которого остались лишь фрагменты (Псилакис, 1994, т. 1, с. 428).
По дороге Ираклион – Айос-Николаос в ущелье Селинариу, где горный ряд, простирающийся от вершины Селена до Критского моря, вдруг резко обрывается, находится действующий монастырь Святого Георгия.
Монастырь Святой Троицы в Арети был основан аристократом Марко Пападопулосом в 1580 - 1596 гг. С тех пор и до 1866 г. он многократно упоминается в архивных источниках. Это был крупный и влиятельный монастырь, который в годы турецкого господства являлся резиденцией епископа области Петра.
Действующий на сегодняшний день монастырь Честного Креста в Кардамуце в годы венецианского и оттоманского господства являлся одним из главных мужских монастырей. Он был основан в период 1570 – 1580 гг. (Илиакис, 1989) братьями Катзарасами, иеромонахом Макариосом, иеромонахом Манассисом и монахом Ксенофоном.
Монастырь Св. Андрея был построен давным давно в одном из наиболее уединенных побережий провинции Мирабелло, у деревни Финокалия. Сегодня старый монастырь не сохранился, но маленькая церковь Св. Андрея была построена на том же самом месте.
Монастырь Пресвятой Богородицы Эксакустис рядом с поселком Малес располагается в северо-западной части района Иерапетра. С укромного месторасположения вдали от населенных пунктов, среди зелени деревьев открывается захватывающая панорама Ливийского моря.
