В темные века жизнь в суровых горных районах оказалась так трудна, что за несколько столетий эти поселения опустели и исчезли с лица земли. В то же время ахейцы и дорийцы привели Грецию к процветанию — классическому периоду. Они также распространили новые порядки: начали использовать железо, сжигать умерших и носить другую одежду.
«Остров ста городов», как его называл Гомер, постепенно стал играть более важную роль. Кносс снова превратился в административный центр, появились новые крупные города: Иерапетра, Итанос, Аксос, Пресос, Сивритос, Дрирос, Ризиния, Трипитос и многие другие.
Когда римлянин Квинт Цецилий Метелл завоевал Крит в 69 году н. э., столица острова была перенесена в Гортис, который позже стал столицей провинции Крит и Киренаика. О мощи города можно судить по оставшимся с тем времен баням, театрам, стадионам, ипподрому, крепости и храмам. Столицу обслуживали порты Маталы, Ласеи и Лавены (ныне Лендаса).
Помимо Гортиса процветали и другие города. Наиболее значительные археологические памятники остались от Элефтерны, Полирении, Литта, Элира, Аптеры, Лаппы, Осула, Лато и Приансуса.
После основания критских колоний на Сицилии, в Марселе и Кирене в VII веке н. э. снова была налажена торговля, и многие порты по своему могуществу превзошли города, для обслуживания которых создавались. Некоторые порты расширились и стали крупными городами, например Фаласарна, Лиссос, Херсониссос, Лато Камара и Инат.
Приход христианства
По пути в Рим апостол Павел остановился на Крите и начал проповедовать христианство, заложив основы многовековой традиции аскетизма, влияние которой можно проследить до наших дней в традициях отшельничества и укладе монастырей в горах Астерусия.
В районах, которые посетил Святой Павел и Святой Ионанн Ксенос, возникли целые общины схимников. К этим районам относятся горы Астерусия и Мыл Акротири возле Ханьи, где до сих пор сохраняются монашеские традиции.
Крит стал важным центром христианства, что подтверждается многочисленными религиозными памятниками, встречающимися на всей территории острова. Древние храмы олимпийских богов перестраивались в величественные базилики, а пещерные святилища превращались в церкви.
Развалины ранних христианских базилик, до сих пор поражающих своими размерами, можно найти в разных районах острова. Колоссальная базилика Святого Тита расположена в Гортисе. Остатки подобных религиозных памятников есть также в Херсониссосе, Фрагокастелло, Элунде, Альмириде, Панормо, Гуледиане, Суйе и Элефтерне.
Пританей Аполлонии 
На мысе Суда, над святыней на пляже Агии Пелагеи находятся следы раскопок, проводимых Стилианосом Алехиу. Здесь он обнаружил самый важный участок для археологических раскопок, Пританей элленистического Аполлония (или Панормос). Город находился на месте сегодняшней Агия Пелагея.
Древняя Диктинна является уникальным археологическим местом на Крите. Расположена в 45 километрах к юго-западу от Ханья , в восточной части полуострова Спафа и 23 км от Колибари.
На месте сегодняшней деревни Анополи был раньше древний город Анополи, портом которого был Катополи или Финикас, где в настоящее время находится известный туристический поселок Лутро. На северном склоне холма до сих пор сохранились останки древнего города Анополи и части стен, окружавших город.
В этом месте в 1981, было найдено большое здание римского периода, которое наверняка было особняком.
Считается, что Древняя Аркадия или Аркадес – город, построенный вблизи деревни Афрати. Археологические раскопки 1924 выявили древние жилища и некрополь VII-XIX века до н.э. со сводчатыми гробницами. Город был очень развит и имел сильное влияние во II веке до н.э.
Древний городок Фаланна находится в Оните, раскинувшись в крупной долине, а потому является местом с природными укреплениями. Первые упоминания о городе датируются эпохой неолита, но его расцвет приходится на архаичные времена (VII-VI век до н.э.). При раскопках были найдены два дома, акрополь со стенами и фонтан.
На западной стороне пляжа Толос мы находим величественные руины продолговатого здания, размером 56м х 9.60м. Это здание, называемое Хранилищем, служило в качестве амбара для хранения зерна и других продуктов в Римский период, а, возможно, и во время Венецианского периода. Считается, что это место было перевалочным пунктом для судов, перевозящих зерно между египетской Александрией и Римом.
Цитадель Смари 
