Κατά τη Σκοτεινή Περίοδο, η διαβίωση σε τόσο δυσπρόσιτες περιοχές ήταν τόσο σκληρή, που σε λίγους αιώνες οι οικισμοί αυτοί ήταν λογικό να παρακμάσουν και να χαθούν. Την ίδια περίοδο, οι Αχαιοί και οι Δωριείς άνοιξαν το δρόμο για την άνθιση του Κλασσικού Ελληνισμού. Εισήχθησαν νέα έθιμα, όπως η χρήση σιδήρου, η καύση των νεκρών και νέοι τρόποι ένδυσης. Η «εκατόπολη» Κρήτη του Ομήρου, άρχισε σιγά σιγά να επανέρχεται στο προσκήνιο, η Κνωσός ισχυροποιείται διοικητικά και αναπτύσσονται νέες εντυπωσιακές πόλεις, όπως η Ιεράπυτνα, η Ίτανος κοντά στο Βάι, η Αξός στην επαρχία Μυλοποτάμου, η Πραισός, η Σίβρυτος, η Δρήρος, η Ριζηνία, ο Τρυπητός, και πολλές άλλες.
Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Ρωμαίους, το 69 μ.Χ., πρωτεύουσα του νησιού ορίστηκε η Γόρτυνα, η οποία μάλιστα εξελίχτηκε σε πρωτεύουσα των ρωμαϊκών επαρχιών της Κρήτης και της Κυρηναίας. Η πόλη, όπως μπορεί να δει ακόμη και σήμερα ο επισκέπτης, είχε επιβλητικά συγκροτήματα λουτρών, θέατρα, στάδιο, ιππόδρομο, ακρόπολη και ναούς ενώ λιμάνια της ήταν τα Μάταλα, η Λασαία και η Λεβήνα στο Λέντα. Εκτός από τη Γόρτυνα, πολλές άλλες πόλεις γνώρισαν άνθιση, με τις πιο εντυπωσιακές αρχαιολογικές τοποθεσίες να είναι σήμερα η Ελεύθερνα, η καλά οχυρωμένη Πολυρρήνια, η Ιεράπυτνα, η Λύττος, η Έλυρος, η Άπτερα, η Λάππα, η Ολούς, η Λατώ και η Πριανσός.
Με την ίδρυση κρητικών αποικιών στη Σικελία, στη Μασσαλία και στην Κυρήνη τον 7ο αιώνα π.Χ., το εμπόριο άνθισε ξανά και πολλά λιμάνια ξεπέρασαν σε ισχύ τις πόλεις που εξυπηρετούσαν ως επίνεια. Λιμάνια που μετεξελίχθηκαν τότε σε σημαντικές πόλεις ήταν η Φαλάσαρνα, η Λισσός, η Χερρόνησος, η Λατώ προς Καμάρα (σημερινός Άγιος Νικόλαος), η Ίνατος στον Τσούτσουρα και άλλα.
Η Άφιξη του Χριστιανισμού
Στο ταξίδι του προς τη Ρώμη, ο Άγιος Παύλος σταμάτησε στην Κρήτη και διακήρυξε τον Χριστιανισμό, ανάβοντας τη φλόγα μιας αιωνόβιας ασκητικής παράδοσης, σημάδια της οποίας συναντάμε και σήμερα στα ερημητήρια των Αστερουσίων. Περιοχές από όπου σύμφωνα με την παράδοση πέρασε ο Άγιος Παύλος και ο Όσιος Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν γρήγορα σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν ακόμη και σήμερα τα ιερά ερημητήρια των Αστερουσίων και του Ακρωτηρίου Χανίων.
Το νησί έγινε ένα σπουδαίο χριστιανικό κέντρο, όπως αποτυπώνεται στα εκατοντάδες θρησκευτικά μνημεία, που είναι διάσπαρτα παντού. Οι παλαιοί ναοί του Δωδεκάθεου μετατράπηκαν σε μεγαλοπρεπείς βασιλικές και τα ιερά σπήλαια έγιναν εκκλησίες. Λείψανα των παλαιοχριστιανικών βασιλικών, που ακόμη και σήμερα προκαλούν δέος για το μέγεθός τους, συναντά κανείς διάσπαρτα σε όλο το νησί. Εκτός από τη μεγαλειώδη βασιλική του Αγίου Τίτου στη Μητρόπολη, σώζονται ίχνη ανάλογων θρησκευτικών μνημείων στη Χερσόνησο, στο Φραγκοκάστελο, στην Ελούντα, στην Αλμυρίδα, στο Πάνορμο, στα Γουλεδιανά, στη Σούγια, στην Ελεύθερνα και αλλού.
Αρχαία Γόρτυνα 
Ο αρχαιολογικός χώρος της Γόρτυνας βρίσκεται 45km νότια του Ηρακλείου, δίπλα στο χωριό Άγιοι Δέκα και εκατέρωθεν του δρόμου που συνδέει τους Αγίους Δέκα με τις Μοίρες. Η πόλη ήταν απλωμένη σε μια μεγάλη έκταση κατά μήκος του Μητροπολιανού ποταμού (ή Ληθαίος) πνιγμένη και σήμερα στους ελαιώνες.
Η Αρχαία Λάππα ήταν κτισμένη στην περιοχή της σημερινής Αργυρούπολης, 27km νοτιοδυτικά του Ρεθύμνου. Η περιοχή και σήμερα είναι πασίγνωστη για τις πηγές με τους καταρράκτες που κινούσαν παλιά μύλους και το καταπράσινο τοπίο της, που προσελκύει χιλιάδες επισκέπτες κάθε χρόνο.
Παραλία Βιένα 
Η παραλία είναι κυρίως βραχώδης και με άμμο σε μερικά σημεία. Είναι προστατευμένη από μια μεγάλη σειρά με βράχια, σχηματίζοντας μια μικρή λίμνη. Δεν υπάρχουν καθόλου υποδομές στην περιοχή, ενώ δίπλα στην παραλία υπάρχει αρκετή βλάστηση, όπου μπορείτε να βρείτε σκιά.
Η αρχαία Ελεύθερνα βρίσκεται 25km νοτιοανατολικά του Ρεθύμνου, κοντά στη Μονή Αρκαδίου. Η πόλη αποτελεί το σημαντικότερο αρχαιολογικό χώρο του νομού Ρεθύμνου, ο οποίος μάλιστα δεν έχει ανασκαφεί πλήρως και αναμένεται να δώσει στους αρχαιολόγους ακόμη πολλά πολύτιμα ευρήματα. Οι πρώτες οργανωμένες ανασκαφές ξεκίνησαν το 1985 από το Πανεπιστήμιο Κρήτης.
Τα ερείπια της αρχαίας Λατούς βρίσκονται περίπου 3km βόρεια της Κριτσάς, διάσπαρτα σε ένα διάσελο που ενώνει δύο λόφους σε υψόμετρο περίπου 380m. Η τοποθεσία αυτή έχει εκπληκτική θέα στον κόλπο του Μιραμπέλου.
Η αρχαία Λισσός, επίνειο της Ελύρου, ήταν κτισμένη σε μια μικρή κοιλάδα ανάμεσα στη Σούγια και την Παλαιόχωρα. Ήκμασε από τα Ελληνιστικά χρόνια έως και τον 9ο αιώνα, όταν καταστράφηκε από τους Σαρακηνούς. Ήταν διάσημη για το Ασκληπιείο της, όπου ασθενείς από όλη την Κρήτη έρχονταν για να θεραπευτούν από τα ιαματικά λουτρά του.
Η αρχαία Φαλάσαρνα βρίσκεται στην δυτική ακτή της βάσης της χερσονήσου της Γραμβούσας και αποτέλεσε μια από τις σημαντικότερες πόλεις της Κρήτης κατά την Ελληνιστική Εποχή. Η πόλη ήταν γνωστή για το λιμάνι της, το μοναδικό φυσικό λιμάνι στη Δυτική Κρήτη χτισμένο σε μια λιμνοθάλασσα που επικοινωνούσε με τη θάλασσα με ένα στενό κανάλι.
Η αρχαία πόλη Άπτερα ιδρύθηκε τον 8ο αιώνα π.Χ. σε μια πανοραμική θέση που ελέγχει τον κόλπο της Σούδας και γνώρισε την ακμή της στα Ελληνιστικά χρόνια. Εγκαταλείφθηκε τα Αραβικά χρόνια, όταν καταστράφηκε από τους πειρατές.
