Während des dunklen Zeitalters war das Leben in solch entlegenen und unwirtlichen Gebieten derart mühselig, dass diese Siedlungen wenige Jahrhunderte später aufgegeben wurden und verschwanden. Gleichzeitig legten die Achaer und Dorier den Grundstein für die Blüte des klassischen Hellenismus. Sie führten neue Bräuche ein wie die Nutzung von Eisen, die Feuerbestattung und neue Arten der Bekleidung.
Die „Insel der hundert Städte“, wie von Homer beschrieben, rückte allmählich in den Vordergrund. Knossos wurde erneut zum Verwaltungszentrum und neue eindrucksvolle Städte entwickelten sich, z. B. Hierapytna, Itanos, Axos, Praesus, Sivrytos, Dreros, Rizinia, Tripitos und viele andere.
Als der Römer Quintus Caecilius Metellus Kreta im Jahre 69 v. Chr. eroberte, verlagerte sich die Hauptstadt der Insel nach Gortys, das später zur Hauptstadt der senatorischen Provinz Kreta und Kyrene wurde. Die Stadt beeindruckt noch heute mit den Überresten der Bäder, der Theater, des Stadions, des Hippodroms, der Zitadelle und der Tempel. Versorgt wurde die Stadt über die Häfen von Matala, Lassea und Levena (das heutige Lendas).
Neben Gortys florierten viele andere Städte. Hierzu gehören die heutigen Städte Eleftherna, Polyrhenia, Lyttos, Elyros, Aptera, Lappa, Olous, Lato und Priansus mit äußerst eindrucksvollen archäologischen Stätten.
Nach der Errichtung kretischer Kolonien auf Sizilien, in Marseille und Kyrene im 7. Jahrhundert v. Chr. florierte der Handel erneut und viele Häfen wurden mächtiger als die Städte, die sie versorgten. Einige Häfen entwickelten sich zu Großstädten, z. B. Falassarna, Lissos, Cheronissos, Lato Kamara und Inatus.
Der Anbruch des Christentums
Auf seiner Reise nach Rom landete der Apostel Paulus auf Kreta und verkündete den Glauben und die Lehre des Christentums. Er entzündete die Flamme einer jahrhundertealten Tradition der Enthaltsamkeit, deren Spuren wir heute noch in Einsiedeleien und klösterlichen Einrichtungen in der Region von Asterousia finden.
Gebiete, die laut Überlieferung vom Heiligen Paulus und Heiligen Johannes Xenos besucht wurden, verwandelten sich in lebendige Gemeinschaften, die sich der Enthaltsamkeit verschrieben. Von diesen haben Asterousia und die Halbinsel Akrotiri bei Chania bis heute ihren klösterlichen Charakter bewahrt.
Die Insel wurde zu einem wichtigen Zentrum des Christentums, wie Hunderte religiöse Monumente zeigen, die überall zu finden sind. Die alten Tempel der zwölf olympischen Götter verwandelten sich in imposante Basiliken und höhlenartige Heiligtümer wurden in Kirchen umgebaut.
Überreste frühchristlicher Basiliken, die nach wie vor aufgrund ihrer Größe äußerst beeindruckend sind, sind über die ganze Insel verstreut. Neben der riesigen Basilika St. Titus in Gortys lassen sich Spuren ähnlicher religiöser Monumente bei Hersonissos, Fragokastelo, Elounda, Almyrida, Panormo, Goulediana, Sougia und Eleftherna finden.
Alte Gortyn 
Die archäologische Stätte von Gortyn (oder Gortys) liegt 45 km südlich von Heraklion, in der Nähe des Dorfes Agii Deka und neben der Straße, die Agii Deka mit Mires verbindet. Die Stadt bedeckte eine große Fläche entlang des Flusses Mitropolianos (oder Litheos) mit ausgedehnten Olivenhainen.
Die alte Eleftherna liegt 25 km südöstlich von Rethymno, in der Nähe des Klosters von Arkadi. Die Stadt ist die bedeutendste archäologische Stätte in der Präfektur Rethymno, die nicht vollständig ausgegraben wurde und es wird erwartet, dass Archäologen viel mehr Entdeckungen machen. Die ersten organisierten Ausgrabungen begannen hier 1985 von der Universität Kreta.
Die antike Stadt Aptera wurde im 8. Jahrhundert v. Chr. in einer Panorama-Lage gegründet, die die Souda-Bucht kontrollierte und in der hellenistischen Zeit blühte. Sie wurde in den arabischen Jahren aufgegeben, als sie von den Piraten (oder einem Erdbeben) zerstört wurde.
Alte Lappa wurde in der Nähe der heutigen Stadt Argyroupolis, 27 km südlich von Rethymno gebaut. Das Gebiet ist heute berühmt für seine Quellen mit Wasserfällen, seine alten Mühlen und die üppige grüne Landschaft, die Tausende von Besuchern jedes Jahr anzieht.
In der Nähe der Siedlung Moni, Provinz Selino, finden wir ein sehr geheimnisvolles Denkmal, das auf Kreta einzigartig ist. Das ist eine kleine konische Pyramide mit einem Umfang von 16m und einer Höhe von 4,6m, die geschnitzt wird. Der Innenraum hat einen geschnitzten Raum mit den Abmessungen 2.20m x 2.10m und Höhe 1.40m.
Die antike Stadt Falasarna (oder Phalasarna) liegt am Westen der Halbinsel Gramvousa und war eine der bedeutendsten Städte Kretas während der hellenistischen Zeit. Die Stadt war berühmt für ihren Hafen, der einzige natürliche Hafen im westlichen Kreta, in einer kleinen Lagune gebaut.
Der schmale, aber oft wellenförmige Sandstreifen, der die Inseln von den gegenüberliegenden Küsten von Kreta trennte, war kein Hindernis für die fortdauernde Gegenwart des Menschen in der Antike. Der alte Name Lefki (bedeutend weiß) wurde durch das Glitzern von weißem Kalkstein und Mergel im Sonnenlicht gegeben.
Das Hauptheiligtum, das Hermes und Aphrodite gewidmet wird, befindet sich auf Position Krya Vrissi, 5 km nordöstlich von Kato Simi und ist die bedeutendste archäologische Stätte in der Provinz Viannos.
