Die Existenz zahlreicher Höhlen ist untrennbar mit der schroffen Topographie von Kreta verbunden. Die Menschen lebten in Höhlen vor Tausenden von Jahren, wie durch die prähistorischen Schnitzereien in der Höhle Skordilakia von Asfendou belegt wurde. Darüber hinaus wird die heutige religiöse Tradition in den Höhlen die kavernöse Kapellen beherbergt, eine Evolution der Anbetung der alten Götter in Höhlen.
Diktäische Höhle 
Die beeindruckende Höhle von Zeus, die Diktäische Höhle, liegt nur 10 Gehminuten von Psychro entfernt, im Lassithi Plateau auf einer Höhe von 1025m. In Psychro gibt es viele Parkplätze, mit vielen Restaurants in der Nähe. Zwei Wege zur Höhle starten vom Parkplatz aus. Der einfachste Weg ist der linke, denn auf dem richtigen Weg (dem ältesten) werden die Steine von Tausenden von Touristen getragen und sind rutschig.
Die Höhle von Zoniana, Sfentoni oder Sfentonis Loch, 1 km nordöstlich von Zoniana in Mylopotamos, ca. 43 km von Heraklion und 52 von Rethymnon entfernt.Entwickelt sich an der südlichen Seitenwand des Hügels von Halepa auf einer Höhe von 630 m. Die Höhle ist zugänglich und ist die schönste Höhle in Kreta und eine der schönsten in Griechenland, mit reicher Stalaktiten und Stalagmiten (Tropfsteine)dekorierung. Sie gehört zum Naturpark von Psiloritis.Es hat sich dem Tourismus nach entwickelt und Sie müssen eine Eintrittsgebühr zahlen.
Die Melidoni Höhle befindet sich etwa 1. 800 m nordwestlich des gleichnamigen Dorfes des bergigen Mylopotamos, auf einer Höhe von 220 Metern, auf der Südseite des Kouloukonas Gebirges. Der Gerontospilios (Alterhölle) wie er so genannt wird, zeigt Interesse wegen den archäologischen Funden.
Das Ideon Andron liegt auf einer Höhe von 1538 m an den östlichen Hängen des Ida (Psiloritis)Gebirge, die Hochebene von Nida. Die Höhle ist 24 km von Anogia Mylopotamou und 78 km von Rethymno entfernt. Die Höhle ist nicht von besonderem geologischen Wert, hat aber enorme mythologische und Kulturwert, da es die Höhle ist, wo der Legende nach der größte Gott des Altertums Dias (Zeys) wüchse.
Die Höhle von Agia Paraskevi befindet sich im Gebiet von Gouves, nordwestlich des Dorfes Skotino, mit ihrem Eingang auf einer Höhe von 225m. In dieser Höhle fand die Anbetung der Göttin Artemi (Diana) Vritomartis statt. Der Voreingangsbereich ist eine Höhle, an derem Ende sich die byzantinische Kirche von Agia Paraskevi befindet, die zu der Zeit der venezianischen Herrschaft auf Kreta gehört.
Die Höhle Labyrinth liegt 50 km südlich von Iraklion, auf einem kleinen Hügel, 3,5 km nördlich von Kastelli Dorf auf Messara Ebene. Das war eine riesige künstliche Höhle mit labyrinthischen Korridoren, die länger als 2,5 km lang waren und mehrere Räume, die nicht irgendwo führten, die als Steinbruch für die Gewinnung von Steinen dienten, für den Bau des minoischen Palastes in Phaestus, der minoischen Villa von Agia Triada, der römischen Stadt Gortys und anderer kleinerer Städte.
Die Höhle von Gerani ist eine der bedeutendsten und schönsten Höhlen in der Präfektur Rethymno und auf ganz Kreta. Sie liegt 7 km westlich von Rethymnon, an der Stelle "Kamari" und in der Nähe des Strandes von Gerani.
Die Höhle von Agia Sofia liegt 47 km südwestlich von Chania, an den westlichen Wänden der Schlucht Topolia. Die Höhle liegt in der Nähe der Hauptstraße nach Elafonisi. Auf der linken Seite des Höhleneingangs befindet sich die kleine Kirche von Agia Sofia.
