Die Existenz zahlreicher Höhlen ist untrennbar mit der schroffen Topographie von Kreta verbunden. Die Menschen lebten in Höhlen vor Tausenden von Jahren, wie durch die prähistorischen Schnitzereien in der Höhle Skordilakia von Asfendou belegt wurde. Darüber hinaus wird die heutige religiöse Tradition in den Höhlen die kavernöse Kapellen beherbergt, eine Evolution der Anbetung der alten Götter in Höhlen.
Asfendou Höhle 
Asfendou Höhle befindet sich in der Nähe des Dorfes Sfakia, an einem steilen Hang an der Position Skordalakia. Skordoulakia Höhle ist ein sehr kleiner Felsschutz, der kaum zwei Personen passt und er befindet sich auf einem Hügel am Anfang der Schlucht Asfendou.
Auf dem Weg, der von Agios Ioannis zum Koudoumas Kloster führt, begegnen wir einer beeindruckenden Höhle, geformt Δ, in der sich die kleine Kirche des Heiligen Antonius befindet. Die Höhle hat Stalagmiten und Stalaktiten. Ein Stalaktit hat die Form des Heiligen Antonius und es gibt eine Grube, wo es eine Ikone des Heiligen Antonius gibt.
Die Höhle von Marathokefala oder Marathospilios befindet sich neben dem Dorf Kynigiana, 29 km südöstlich von Rethymno. In Mylopotamos Gebiet wurden mehrere Höhlen gefunden.
Goumenospilios ist eine sehr kleine Höhle in der Agiofarago Schlucht, ca. 80 km südlich von Heraklion. Der Eingang ist sehr klein, aber der Innenraum ist sehr geräumig, mit einem Beleuchtungsloch auf dem Dach. Die Höhle hat keine Einrichtung, ist aber dennoch legendär.
Die Höhle Kato Peristeras liegt östlich des Dorfes Karydi an der Stelle Kato Platyvolo (Höhe 560m). Die Höhle dauert ca. 5 Minuten zu Fuß vom Parkplatz bis zum relativ unterschiedlichen Weg.
Ellinospilios Höhle ist eine wunderschöne Höhle von Afrata Bereich, wo bedeutende archäologische Funde offenbart wurden, wie Gräber. An manchen Orten gibt es Teiche mit Wasser, wo Blasen aus Kalkmaterial schwimmen, als ein seltenes kavernöses Material. Mit den geringsten Wasserturbulenzen brechen sie und produzieren ein Geräusch wie das Reißen des Stoffes.
Im Westen des Koudoumas Klosters liegt Avvakospilio, eine Höhlenkirche, in der Ossios Kosmas traditionsgemäß während des 7. Jahrhunderts als Asket lebte und wo seine Überreste begraben wurden. Um den Platz zu erreichen, sollen Sie 15-20 'auf einem erstaunlichen Seestrand gehen, der vom Koudoumas Kloster beginnt
In der Nähe des Dorfes St. George in der Provinz Sitia (auch bekannt als Tourtouli) gibt es die beiden Höhlen Kleine und große Katofygi (mit der maximalen Länge der internen Routen 100m).
