Die Existenz zahlreicher Höhlen ist untrennbar mit der schroffen Topographie von Kreta verbunden. Die Menschen lebten in Höhlen vor Tausenden von Jahren, wie durch die prähistorischen Schnitzereien in der Höhle Skordilakia von Asfendou belegt wurde. Darüber hinaus wird die heutige religiöse Tradition in den Höhlen die kavernöse Kapellen beherbergt, eine Evolution der Anbetung der alten Götter in Höhlen.
Oxo Latsidi Höhle 
An der Stelle Patelia, ca. 1 km nordwestlich von Sitanos, treffen wir die große Höhle von Oxo Latsidi, die im Jura Kalkstein gebildet wurde. Sie war ursprünglich für 50m zugänglich. Sie wurde später von Paul Faure studiert und von Eleftherios Platakis und Ioannis Tsifetakis abgebildet, die einen langen Tunnel (360m lang) fanden.
Am weitesten entfernten Teil des Ostkreutes befindet sich die Höhle Alogaras. Der Name wird nach dem Wort Logari (Schatz) genommen. Sie befindet sich neben dem Dorf Tso, heute genannt Agia Triada. Die Höhle befindet sich auf der Straße zum einsamen Strand Livari und 400 Fuß darüber, wo es Reste des alten Hafens von Ziros gibt.
Die Anonymus Höhle von Tylissos befindet sich 16 km westlich von Heraklion, ca. 1 km vor Voulismeno Aloni, auf einer Höhe von 250 Metern. Sie wurde im Jahr 2010 während der Arbeiten für die neue Straße zwischen Tylissos mit Anogia enthüllt.
Tafkos liegt im Gebiet Petradolakia auf einer Höhe von 1.440 Metern, ca. 13 km südlich von Anogia. Sie gehört zu den Höhlen und ihre erforschte Tiefe beträgt 475 Meter und die Gesamtlänge beträgt 383 Meter. Sie gilt als die zweithöchste Höhle bei Psiloritis und als sie zuerst entdeckt wurde (1989), war sie die tiefste Höhle in Griechenland.
Die Höhle liegt 25 km westlich von Heraklion, von Marathos Dorf, auf einer Höhe von 545m, nach dem verlassenen Steinbruch von Arkalokefalo. Der Eingang (2.10m x 1m) ist wegen der dichten Vegetation nicht leicht zu sehen, während die Gesamtlänge der Start- und Landebahnen 153m beträgt.
Die Höhle Dadoulas oder Maxime ist ein unterirdischer Fluss in Dadoulas Bereich von Vrysidi Siedlung. Sie hat eine Gesamtlänge von 760m, die Tiefe von 260m und endet bei einem Siphon. Sie hat sehr reichhaltiges Dekor und zeichnet sich als "lebendiges Museum der geologischen Geschichte" der Region aus.
Die Höhle Kamilari ist eine leicht zugängliche und beeindruckende Höhle des Psiloritis Berges. Sie befindet sich nur 200m vom dem 13. km der alten Straße, die Heraklion mit Rethymnon, in der Nähe von Tylisos, auf einer Höhe von 267m verbindet. Sie hat 200m lange Wege, während ihr Eingang eine Breite von 10m und eine Höhe von 4m hat.
Die Trapeza Höhle wurde als Ort der Verehrung verwendet, was durch die unzähligen Zacken auf dem Boden, aber auch durch ihre Lage, die vor dem Eingang ist, die beide von der mittelminoischen Ära bis zum Nach-Minoan datiert werden, zertifiziert wurde. Die wichtigsten Erkenntnisse der Höhle sind zwei Götzen der Männer in der anbetenden Position.
