Die Existenz zahlreicher Höhlen ist untrennbar mit der schroffen Topographie von Kreta verbunden. Die Menschen lebten in Höhlen vor Tausenden von Jahren, wie durch die prähistorischen Schnitzereien in der Höhle Skordilakia von Asfendou belegt wurde. Darüber hinaus wird die heutige religiöse Tradition in den Höhlen die kavernöse Kapellen beherbergt, eine Evolution der Anbetung der alten Götter in Höhlen.
Milatos Höhle 
Die Höhle von Milatos ist bekannt für die Tragödie, die hier im Februar 1823 stattfand. Im Winter 1822-23 verwüstete Hassan Pascha das Lassithi Plateau. Dann zogen seine Truppen in die Region Mirabelo. Die Bewohner des Gebietes sagten seine zerstörerische Manie voraus und fanden Zuflucht in den örtlichen Höhlen.
Die Höhle der Elefanten befindet sich im Drepano Gebiet von Akrotiri, in der Präfektur Chania und der Souda Bucht. Die Höhle wurde 1999 von Manolis Efthymakis entdeckt und wurde dann im Januar 2000 in Star TV von dem professionellen Taucher und Filmemacher G. Tzanakis gezeigt.
Die Höhle von Kournas liegt an der Stelle Keratides, westlich von Kournas Dorf und ist eine der schönsten Höhlen in der Präfektur Chania. Das Absteigen in den Hauptraum ist ein bisschen mühsam, aber das reichhaltige Höhlendekor mit schönen Farben und Formationen wird jeden begeistern.
Die Höhle von Pelekita ist eine der größten Höhlen auf Kreta mit einer Länge von 310m. Ihre Größe, die reichen Stalaktiten und Stalagmiten Dekor und die spektakulären Felsblöcke machen diese unbekannte Höhle einzigartig auf der Insel.
Die Höhle von Kamares, auch Kamaraiko genannt, liegt am südlichen Fuß von Psiloritis. Sie liegt auf den Hängen von Monte Soros, auf einer Höhe von 1700m und nordöstlich des gleichnamigen Dorfes Kamares. Sie ist nicht wichtig in der Speläologie, aber die minoischen Befunde machten die Höhle zu einer sehr wichtigen archäologischen Stätte.
Die Höhle liegt südwestlich von Malia auf einer Höhe von 106 Metern über dem Weg, der von Malia nach Mohos führt. Dies hat den Besucherverkehr in die Höhle erhöht und die Stalagmiten wurden durch Vandalen stark beschädigt.
Die Höhle von Eileithyia liegt 7 km östlich von Heraklion und 1 km südöstlich von Amnissos. Sie liegt an den östlichen Seiten des Karteros, neben der alten Straße, die von Amnisos nach Episkopi führt. Der Eingang der Höhle befindet sich in der Nähe eines alten Feigenbaums. Die Höhle wurde im letzten Jahrhundert entdeckt.
Die Höhle Lera oder Pan wurde an den Westhängen des Vardies Berges, auf einer Höhe von 70m, gegenüber der Lagune von Stavros gebildet. Sie besteht aus einer Halle und vier Räumen mit geschnitzten Nischen, die vermutlich als Reittiere für Statuen gedient haben.
