С прибытием на Крит Иоанна Отшельника начало развиваться мощное направление аскетизма, которое сохраняется и по сей день. Сотни отшельников стали уединяться в отдаленных уголках острова и сформировали целые аскетические сообщества, которые позже превратились в процветающие монастыри.
Особым примером отшельничества служит католический монастырь на мысе Акротири, где монахи живут в пещерах и выполняют свое служение вдали от мирских удовольствий. Также важную роль сыграли религиозные общины на уединенных полуостровах Грамвуса и Родопу, где работало несколько небольших монастырей.
Важнейшим обиталищем отшельников стали естественным образом изолированные непроходимые горы Астерусия к югу от Ираклиона. В сотнях пещер между Агиос Никитас и мысом Литино до сих пор живут отшельники. Они практически не общаются друг с другом. Отшельники районов Агиофараго и Марцало собираются раз в год в пещере Гуменоспилиос, чтобы выяснить, кто пережил этот год.
На востоке Крита в северной провинции Мирабелло находится крупнейший район обитания аскетов, где возведены десятки небольших монастырских строений. Здесь отшельники строят крошечные монастыри, где обычно живут в одиночку.
Храм Св. Николай, Суды 
Внутри крепости Суды с 1585 года и до сегодняшнего дня существует хорошо сохранившийся центральный храм (Св. Николай), в котором служили священники ордена Святого Августина, потому что на острове существовал монастырь монахов августинцев.
Монастырь Панагеи Тимиани находится около Сфакии в точке Тиме Арми и является одним из самых исторических мест на Крите. Здесь 29 мая, 1821 критянские военачальники призывали к восстанию против Османской империи. Поэтому монастырь также именуют Агия Лавра Крита (Агия Лавра – это монастырь в Пелопоннесе, где началась Великая греческая революция 1821, которая привела к освобождению Греции).
На равнинной местности к северу от поселка Скиниас рядом с наблюдательной вышкой «Ялу Кефали» периода венецианского господства находится церковь Пророка Ильи. На этом месте располагался когда-то действующий монастырь, ныне заброшенный. Небольшой храм представляет собой однонефное сводчатое помещение с контрфорсом с южной стороны.
У деревни Галатас и поблизости с менонитским дворцом в Драконеро, мы встречаем церковь Св. Иоанна с двумя проходами. Эта церковь византийской эпохи с фресками в очень плохом состоянии, а внутри церкви сохранился аркосолий (гробница), возможно, построенный для основателя храма. Под церковью находится колодец со свежей водой.
Церковь Зоодохос Пиги (Животворящего Фонтана) около Драконеро функционировал в качестве монастыря в венецианский период. Это самая большая крестообразная церковь с куполом на Крите (венецианского периода). Внутри церкви находится один из самый красивых аркосолиев (венецианская гробница) XVI века с родовым гербом семьи Тцангароло. Часть фресок уцелела (с изображением Петра и Павла, Богоматери на троне и т.д.).
Церковь Св. Иоанна находится в лесистой местности посреди дубов у деревни Рукани и является одним из самых исторических византийских памятников. Церковь датируется XI-XII веком и возможно работала как монастырь, посвященный Св. Иоанну Богослову.
История церкви Девы Марии ‘Панагия Кера’ началась по крайней мере в XIII в. Сначала был построен центральный неф, поддерживающий массивную сводчатую крышу и тяжелый плоский купол, затем достроили боковые нефы и западный вход, который используется сегодня, а последними были сооружены колокольня и опоры для церкви.
Монастырь Католико располагается в 20 км к востоку от Ханьи рядом с северным краем мыса Акротири. Он расположен рядом с выходом из ущелья Авлаки, недалеко от моря.
