Многочисленные пещеры обязаны своим существованием изрезанному рельефу острова. Первобытные рисунки в пещере Скордилакия возле Асфенду свидетельствуют о том, что люди здесь жили уже тысячи лет назад. Более того, современная религиозная традиция устраивать в пещерах часовни имеет древние языческие корни.
Когда-то давно именно в пещерах минойцы поклонялись своим главным божествам, таким как Илифия, богиня-родовспомогательница. Позже они стали поклоняться царю богов Зевсу в Диктейской и Идейской пещерах, превратив их в важные религиозные центры. В Византийскую эпоху пещеры, в которых, как гласит предание, жили святые (например, Святой Павел, Герасим и Иоанн Ксифилин), были преобразованы в важные аскетические общины. Многие страницы истории Крита были написаны в его пещерах, например, в Мелидони, Милатосе, Крионериде и Тигани возле Грамвусы произошли кровавые побоища.
Ряд пещер имеет большое спелеологические и экологическое значение. Диктейская пещера в окрестностях Психро, Геронтоспилиос возле Мелидони и Сфендони близ Зонианы славятся своим богатым убранством и открыты для посетителей. Помимо пещер, имеющих религиозную или историческую ценность, на карте острова отмечено свыше 4500 пещер и карстовых воронок, насладиться прекрасным убранством которых может любой опытный спелеолог. Территории, богатые интереснейшими пещерами, — это гора Струмбулас у Ираклиона, геопарки Сития и Псилоритис, а также район Мелидони в Белых горах. Три глубочайшие карстовые воронки Греции расположены на Крите.Пещеры
Пещера Аркудиотисса 
Знаменитая пещера Аркудиотисса расположена 2 км севернее монастыря Гувернето (дальше ущелья Авлаки). Она славится сталагмитом в виде медведя, наклонившегося попить воды. Медведь-сталагмит и послужил причиной такого названия пещеры. Считается, что эта пещера использовалась с древнейших времен для поклонений Аполлону и Артемиде. Праздник богини-медведицы отмечался в месяце гамилион.
Тафкос расположен в районе Петрадолакия на высоте 1440 метров, приблизительно в 13 км к югу от Аногии. Здесь расположены выбоины, исследованная глубина которых 475 метров и общая протяженность 383 метров. Пещера считается второй по глубине в Псилоритисе и когда она была впервые обнаружена (1989), она считалась самой глубокой во всей Греции.
Пещера находится к западу – юго-западу от Мали на высоте 106 метров над тропой, которая ведет из Мали в Мохос, что увеличивает поток туристов и привело к сильному разрушению сталагмитов вандалами.
Одна из самых труднодоступных пещер острова и, в то же время, одна из самых красивых и впечатляющих. Находится на южном склоне горы Сорос, на высоте 1700 метров. Здесь были найдены знаменитые вазы, написанные в стиле «Камарес», замечательные своими формами, рисунками и красками. Эти вазы были подношениями богине родов Илифии, которую почитали в пещере в минойскую эпоху.
Пещера находится к северо-северо-востоку от Като Закроса. До пещеры можно добраться либо пешком от Като Закроса - примерно за час, либо на моторке от пляжа в Като Закросе (20-25 минут) и потом пешком по довольно утомительному подъему (15 минут). Вход поднят на высоту 105 м. Пещера образована известняком верхнего мелового периода и доломитов триасового периода.
Пещера "Панос или Лера" располжена в горе Вардиес на высоте 70 м в поселении Ставрос Кидониас. Пещера состоит из "вестибюля" и еще четырех частей с отделанными сводами, которые использовались для размещения статуй.
Недалеко от области Сфакиа, за деревней Асфендос находится одноименная пещера. Местность называется Скордулакия из-за растения, которое произростает здесь повсюду, вот почему местные жители дали пещере второе название – Скордулакия.
Пещера циклопа Полифема находится между поселениями Сугия и Кустогерако. Пещера не имеет интересного декора, за исключением одного мраморного образования похожего на трон. Вход разделен напополам огромным камнем, как камень, приложенный Одиссеем к пещере Полифема, одноглазого циклопа-каннибала перед тем, как он выколол его глаз большой деревянной дубиной.
