Многочисленные пещеры обязаны своим существованием изрезанному рельефу острова. Первобытные рисунки в пещере Скордилакия возле Асфенду свидетельствуют о том, что люди здесь жили уже тысячи лет назад. Более того, современная религиозная традиция устраивать в пещерах часовни имеет древние языческие корни.
Когда-то давно именно в пещерах минойцы поклонялись своим главным божествам, таким как Илифия, богиня-родовспомогательница. Позже они стали поклоняться царю богов Зевсу в Диктейской и Идейской пещерах, превратив их в важные религиозные центры. В Византийскую эпоху пещеры, в которых, как гласит предание, жили святые (например, Святой Павел, Герасим и Иоанн Ксифилин), были преобразованы в важные аскетические общины. Многие страницы истории Крита были написаны в его пещерах, например, в Мелидони, Милатосе, Крионериде и Тигани возле Грамвусы произошли кровавые побоища.
Ряд пещер имеет большое спелеологические и экологическое значение. Диктейская пещера в окрестностях Психро, Геронтоспилиос возле Мелидони и Сфендони близ Зонианы славятся своим богатым убранством и открыты для посетителей. Помимо пещер, имеющих религиозную или историческую ценность, на карте острова отмечено свыше 4500 пещер и карстовых воронок, насладиться прекрасным убранством которых может любой опытный спелеолог. Территории, богатые интереснейшими пещерами, — это гора Струмбулас у Ираклиона, геопарки Сития и Псилоритис, а также район Мелидони в Белых горах. Три глубочайшие карстовые воронки Греции расположены на Крите.Пещеры
Агиос Антониос пещера (Кудума) 
В середине пути Агиос Иоаннис - Кудума (20'-30мин. ходьбы) вы можете увидеть впечатляющую пещеру Д-образной формы, внутри которой находится маленькая церквушка Св. Антония.
Пещера Гургутакас 
Пещера Гургутакас считается самой глубокой пещерой Греции и второй по глубине на Балканах. Пещера находится высоте 1500 метров над уровнем моря, в области Атзинолакас, (горы Левка Ори) муниципалитета Апокоронас, в дикой необжитой местности с острыми скалами и крутыми склонами.
При выезде из деревни Кали Сикия округа Св. Василия, префектуры Ретимно, на дороге ведущей к жутковатому плоскогорью с часовней Св. Андрея мы находим пещеру Хонос, в регионе с одноименным названием. Вход совершенно скрыт кустами и в него еле помещается пригнувшийся человек.
Фандаксоспилиара (также известная как «Пещера с привидениями») находится рядом с каменоломней Латцимас в провинции Ретимно. Пещера изначально была руслом подводной реки, которая в данное время без воды.
