Многочисленные пещеры обязаны своим существованием изрезанному рельефу острова. Первобытные рисунки в пещере Скордилакия возле Асфенду свидетельствуют о том, что люди здесь жили уже тысячи лет назад. Более того, современная религиозная традиция устраивать в пещерах часовни имеет древние языческие корни.
Когда-то давно именно в пещерах минойцы поклонялись своим главным божествам, таким как Илифия, богиня-родовспомогательница. Позже они стали поклоняться царю богов Зевсу в Диктейской и Идейской пещерах, превратив их в важные религиозные центры. В Византийскую эпоху пещеры, в которых, как гласит предание, жили святые (например, Святой Павел, Герасим и Иоанн Ксифилин), были преобразованы в важные аскетические общины. Многие страницы истории Крита были написаны в его пещерах, например, в Мелидони, Милатосе, Крионериде и Тигани возле Грамвусы произошли кровавые побоища.
Ряд пещер имеет большое спелеологические и экологическое значение. Диктейская пещера в окрестностях Психро, Геронтоспилиос возле Мелидони и Сфендони близ Зонианы славятся своим богатым убранством и открыты для посетителей. Помимо пещер, имеющих религиозную или историческую ценность, на карте острова отмечено свыше 4500 пещер и карстовых воронок, насладиться прекрасным убранством которых может любой опытный спелеолог. Территории, богатые интереснейшими пещерами, — это гора Струмбулас у Ираклиона, геопарки Сития и Псилоритис, а также район Мелидони в Белых горах. Три глубочайшие карстовые воронки Греции расположены на Крите.Пещеры
Пещера Териоспилос 
Пещера находится в районе Хилофтес - Терио, в 40 минутах ходьбы на северо-запад от деревни Кавусси в Иерапетре. Пещера начинается на высоте 50 м и спускается к скале, которая ведет на побережье под пещерой. В северо-востоку лежит обрывистое побережье Спати ту Хомата, где можно различить слои филлита, кристаллические плитки известняка и доломит.
Вообще с ущельем Картерос связана одна относительно романтическая легенда. Где-то в километрах 5 от входа находится пешера русалок (Нерайдоспилиос). Когда-то молодой к красивый музыкант проходил мимо пещеры и услышал потрясающей красоты пение. Тут то любопыство кошку и сгубило. Вошел он в пещеру и увидел русалок неземной красоты, танцующих и поющих в удивительном свете.
Пещера находится в основании огромной известняковой скалы в 10 минутах ходьбы от деревни Адрианос Мерабеллу на юго-восток, в местечке Нотику Хлабути в Кукистресе. Порода здесь состоит из известняка триасового периода, а также сланца, филлита и кристаллического известняка. Неподалеку находится глубокий известняковый овраг, который раньше был руслом реки. Пещера состоит из 4 коридоров (A, B, C и D) и 5 залов (a,b,c,d,e).
Пещера находится на южном склоне священной горы, по пути на Афентис Христос, на высоте 720 м. Пещера состоит из трех комнат и небольшого бассейна. Название пещеры с греческого языка переводится как „Скрытая вода”, по причине очень узкого входа в пещеру. В минойскую эпоху эта пещера была пещерой поклонений.
Находится к востоку от селения Дзермиада, крупнейшего селения на плоскогорье Ласити, на высоте 860 м. Поднявшись к входу в пещеру, открывается красивейший и захватывающий вид на Ласити. Пребывание в ней человека засвидетельствовано с субнеолетической до раннеминойской эпохи. Характерная керамика конца неолитической эпохи вошла в научный обиход под названием «стиль Трапезы». При посещении пещеры лучше захватить с собой фонарь.
Пещера Дадулас или Максим является подводной рекой в районе Дадулас около поселения Врисиди. Общая протяженность ее проходов 760м, глубиной 260м и заканчивается сифоном (природный колодец). Пещера красуется богатым декором и описывается как "живой музей геологической истории” в регионе.
Пещера Гейдуротрипа расположена к западу от Критсы, на дороге к плато Катаро. Пещера очень богато украшена. Ее название означает «ослиная пещера», потому что местные жители приводили сюда старых ослов.
К югу от Крустаса мы находим исторический пещеру-котел Тафос (Гробница), где повстанцы EAM (греческой партизанской армии времен Второй мировой) находили убежище во времена немецкой оккупации. Как обычно, место было рассекречено благодаря предательству и немцы арестовали и казнили здесь всех партизан.
