Многочисленные пещеры обязаны своим существованием изрезанному рельефу острова. Первобытные рисунки в пещере Скордилакия возле Асфенду свидетельствуют о том, что люди здесь жили уже тысячи лет назад. Более того, современная религиозная традиция устраивать в пещерах часовни имеет древние языческие корни.
Когда-то давно именно в пещерах минойцы поклонялись своим главным божествам, таким как Илифия, богиня-родовспомогательница. Позже они стали поклоняться царю богов Зевсу в Диктейской и Идейской пещерах, превратив их в важные религиозные центры. В Византийскую эпоху пещеры, в которых, как гласит предание, жили святые (например, Святой Павел, Герасим и Иоанн Ксифилин), были преобразованы в важные аскетические общины. Многие страницы истории Крита были написаны в его пещерах, например, в Мелидони, Милатосе, Крионериде и Тигани возле Грамвусы произошли кровавые побоища.
Ряд пещер имеет большое спелеологические и экологическое значение. Диктейская пещера в окрестностях Психро, Геронтоспилиос возле Мелидони и Сфендони близ Зонианы славятся своим богатым убранством и открыты для посетителей. Помимо пещер, имеющих религиозную или историческую ценность, на карте острова отмечено свыше 4500 пещер и карстовых воронок, насладиться прекрасным убранством которых может любой опытный спелеолог. Территории, богатые интереснейшими пещерами, — это гора Струмбулас у Ираклиона, геопарки Сития и Псилоритис, а также район Мелидони в Белых горах. Три глубочайшие карстовые воронки Греции расположены на Крите.Пещеры
Пещера Слона 
Первая разведка пещеры была организована 31 марта 2000 года учёными палеоантропологии и спелеологии при содействии дайвинг –центра Creta. В составе группы погрузился профессиональный дайвер и режиссер Г. Тзанакис. Полученные результаты были фантастическими, так как кроме потрясающей красоты пещеры, были найдены кости слонов.
Пещера Хонос Ситанос является провалом около Ситанос, где находится множество пещер. Общая длина дорожек внутри пещеры составляет 400м с максимальной глубиной 94м.
К самым известным пещерам префектуры Ираклион и важнейшим памятникам Крита в целом относятся искусственный пещеры Лабиринта Минотавра и Малого Лабиринта. Раньше, в древнем городе Гортина, это были каменоломни, которые врезались с севера и юга в пологий холм к югу от деревни Морони.
Путь к пещере находится в зеленой природе ,посетитель будет видеть красивые деревни и будут иметь возможность увидеть новую плотину Апоселеми На высоте 760 метров справа от деревни Авду где начинается грунтовая дорога идущая черезгустой лес к монастырям Святого Иоанна и Святой Анны по тропе ведущей вверх подходим к пещере церквушке Святой Фотини.
Идейская пещера — система пещер, расположенная на склонах горы Иды, остров Крит, Греция. Единственный вход в пещеру находится на уровне 1538 метров. Спуск в пещеру оборудован деревянной лестницей, встроенной в скалу.
Пещера Герани - это удивительная пещера с 6-ю залами и множеством сталагмитов. Во время археологических раскопок были обнаружены не только три человеческих скелета, но и орудия времен Неолита из камня и кости. Еще одной интересной находкой стали кости 100 оленей-эндемиков, которые, скорее всего, вымерли в конце периода Плейстоцена. Найденные человеческие скелеты, возможно, принадлежали трем пещерным людям, которых завалило в пещере в результате землетрясения.
Она расположенна к востоку от Ираклио, вблизи Амнисо. Найденные артефакты, указывают дальнейшее использование пещеры с позднего периода каменного века до позднего римского периода. Илифия была богиней, которая охраняла роды, и эта пещера была самым важным местом поклонения родовспомогательнице.
Пещера длинная и узкая с галереями проходящими по руслу подземной высохшей реки. Геологические изменения все еще активны. Длина пещеры 200 метров и параллельно к ней находится 120-тиметровая галерея с богатым геологическим оформлением. Пещера сформировалась из миоценового известняка (12 миллионов лет назад).
