Während des dunklen Zeitalters war das Leben in solch entlegenen und unwirtlichen Gebieten derart mühselig, dass diese Siedlungen wenige Jahrhunderte später aufgegeben wurden und verschwanden. Gleichzeitig legten die Achaer und Dorier den Grundstein für die Blüte des klassischen Hellenismus. Sie führten neue Bräuche ein wie die Nutzung von Eisen, die Feuerbestattung und neue Arten der Bekleidung.
Die „Insel der hundert Städte“, wie von Homer beschrieben, rückte allmählich in den Vordergrund. Knossos wurde erneut zum Verwaltungszentrum und neue eindrucksvolle Städte entwickelten sich, z. B. Hierapytna, Itanos, Axos, Praesus, Sivrytos, Dreros, Rizinia, Tripitos und viele andere.
Als der Römer Quintus Caecilius Metellus Kreta im Jahre 69 v. Chr. eroberte, verlagerte sich die Hauptstadt der Insel nach Gortys, das später zur Hauptstadt der senatorischen Provinz Kreta und Kyrene wurde. Die Stadt beeindruckt noch heute mit den Überresten der Bäder, der Theater, des Stadions, des Hippodroms, der Zitadelle und der Tempel. Versorgt wurde die Stadt über die Häfen von Matala, Lassea und Levena (das heutige Lendas).
Neben Gortys florierten viele andere Städte. Hierzu gehören die heutigen Städte Eleftherna, Polyrhenia, Lyttos, Elyros, Aptera, Lappa, Olous, Lato und Priansus mit äußerst eindrucksvollen archäologischen Stätten.
Nach der Errichtung kretischer Kolonien auf Sizilien, in Marseille und Kyrene im 7. Jahrhundert v. Chr. florierte der Handel erneut und viele Häfen wurden mächtiger als die Städte, die sie versorgten. Einige Häfen entwickelten sich zu Großstädten, z. B. Falassarna, Lissos, Cheronissos, Lato Kamara und Inatus.
Der Anbruch des Christentums
Auf seiner Reise nach Rom landete der Apostel Paulus auf Kreta und verkündete den Glauben und die Lehre des Christentums. Er entzündete die Flamme einer jahrhundertealten Tradition der Enthaltsamkeit, deren Spuren wir heute noch in Einsiedeleien und klösterlichen Einrichtungen in der Region von Asterousia finden.
Gebiete, die laut Überlieferung vom Heiligen Paulus und Heiligen Johannes Xenos besucht wurden, verwandelten sich in lebendige Gemeinschaften, die sich der Enthaltsamkeit verschrieben. Von diesen haben Asterousia und die Halbinsel Akrotiri bei Chania bis heute ihren klösterlichen Charakter bewahrt.
Die Insel wurde zu einem wichtigen Zentrum des Christentums, wie Hunderte religiöse Monumente zeigen, die überall zu finden sind. Die alten Tempel der zwölf olympischen Götter verwandelten sich in imposante Basiliken und höhlenartige Heiligtümer wurden in Kirchen umgebaut.
Überreste frühchristlicher Basiliken, die nach wie vor aufgrund ihrer Größe äußerst beeindruckend sind, sind über die ganze Insel verstreut. Neben der riesigen Basilika St. Titus in Gortys lassen sich Spuren ähnlicher religiöser Monumente bei Hersonissos, Fragokastelo, Elounda, Almyrida, Panormo, Goulediana, Sougia und Eleftherna finden.
Alte Apollonia (Agia Pelagia) 
Am Kap von Souda, oberhalb am Strand von Agia Pelagia, sehen wir einige Spuren der Ausgrabungen von Stylianos Alexiou. An diesem Punkt entdeckte er die bedeutendste archäologische Stätte des weiteren Gebietes, das Prytaneum der hellenistischen Stadt Apollonia (oder vielleicht auch Panormos).
Auf dem Berg Kadistos, neben der heutigen Kirche St. Anthony, 2 km nordöstlich der Stadt Neapolis, wurde eine alte Dreros (oder Driros) errichtet. Die Stadt wurde von Eteocretanern und Doriern bewohnt (die 1100 v. Chr. auf Kreta ankamen) und blühte in der klassisch-hellenistischen Zeit.
Die alte Itanos war eine der stärksten Städte auf Kreta, besonders während der hellenistischen und griechisch-römischen Zeit. Der Name kommt von ihrem Gründer Itanos, der aus Phönizien kam. Ihr Territorium erstreckte sich vom Kap Samonio (Kap Sidero) bis zum Kap Erythrae (Kap Goudouras).
An einer herrlichen Lage am Berg Oxa, mit Panoramablick auf die Lagune von Elounda, treffen wir die Ruinen eines befestigten Staates, von dem man glaubt, dass er das alte Naxos ist. Vielleicht diente es als die Akropolis von Olous, der alten Stadt von Elounda.
Die alte Stadt Falanna befand sich an der Stelle der verlassenen Siedlung Onithe bei Goulediana. Sie bedeckt ein großes Plateau in einer natürlich befestigten Stelle. Der erste Gebrauch des Geländes wird in der Jungsteinzeit datiert, aber die Stadt blühte während der archaischen Zeiten (7.-6. Jahrhundert v. Chr.). Das war eine kleine Stadt, die von der Stadt Rithimna abhängt.
Das kleine alte Heiligtum von Afrodision Iero (Aphrodite Tempel) befindet sich in der Nähe des Dorfes Lenika und stammt aus dem 10. Jahrhundert v. Chr. Der gleiche Ort wurde im 2. Jh. Jahrhundert für den Bau eines größeren zweischiffigen Tempels von Ares und Aphrodite verwendet, wie hier durch Inschriften belegt wurde.
Die alte Axos wurde auf dem Hügel südöstlich des modernen Dorfes erbaut und gilt als eine der bedeutendsten antiken Städte des alten Kretas. Das Gebiet wurde bereits seit der preminoischen Ära bewohnt, aber die Stadt erreichte ihren Höhepunkt während der archaischen Zeit.
Lendas wird auf dem Gelände der alten Stadt Levina, 74 km südlich von Heraklion, an den südlichen Abhängen der imposanten Asterousia Berge, gebaut. Der Name von Levina kommt aus dem phönizischen "Lavi", was Löwe bedeutet.
