Während des dunklen Zeitalters war das Leben in solch entlegenen und unwirtlichen Gebieten derart mühselig, dass diese Siedlungen wenige Jahrhunderte später aufgegeben wurden und verschwanden. Gleichzeitig legten die Achaer und Dorier den Grundstein für die Blüte des klassischen Hellenismus. Sie führten neue Bräuche ein wie die Nutzung von Eisen, die Feuerbestattung und neue Arten der Bekleidung.
Die „Insel der hundert Städte“, wie von Homer beschrieben, rückte allmählich in den Vordergrund. Knossos wurde erneut zum Verwaltungszentrum und neue eindrucksvolle Städte entwickelten sich, z. B. Hierapytna, Itanos, Axos, Praesus, Sivrytos, Dreros, Rizinia, Tripitos und viele andere.
Als der Römer Quintus Caecilius Metellus Kreta im Jahre 69 v. Chr. eroberte, verlagerte sich die Hauptstadt der Insel nach Gortys, das später zur Hauptstadt der senatorischen Provinz Kreta und Kyrene wurde. Die Stadt beeindruckt noch heute mit den Überresten der Bäder, der Theater, des Stadions, des Hippodroms, der Zitadelle und der Tempel. Versorgt wurde die Stadt über die Häfen von Matala, Lassea und Levena (das heutige Lendas).
Neben Gortys florierten viele andere Städte. Hierzu gehören die heutigen Städte Eleftherna, Polyrhenia, Lyttos, Elyros, Aptera, Lappa, Olous, Lato und Priansus mit äußerst eindrucksvollen archäologischen Stätten.
Nach der Errichtung kretischer Kolonien auf Sizilien, in Marseille und Kyrene im 7. Jahrhundert v. Chr. florierte der Handel erneut und viele Häfen wurden mächtiger als die Städte, die sie versorgten. Einige Häfen entwickelten sich zu Großstädten, z. B. Falassarna, Lissos, Cheronissos, Lato Kamara und Inatus.
Der Anbruch des Christentums
Auf seiner Reise nach Rom landete der Apostel Paulus auf Kreta und verkündete den Glauben und die Lehre des Christentums. Er entzündete die Flamme einer jahrhundertealten Tradition der Enthaltsamkeit, deren Spuren wir heute noch in Einsiedeleien und klösterlichen Einrichtungen in der Region von Asterousia finden.
Gebiete, die laut Überlieferung vom Heiligen Paulus und Heiligen Johannes Xenos besucht wurden, verwandelten sich in lebendige Gemeinschaften, die sich der Enthaltsamkeit verschrieben. Von diesen haben Asterousia und die Halbinsel Akrotiri bei Chania bis heute ihren klösterlichen Charakter bewahrt.
Die Insel wurde zu einem wichtigen Zentrum des Christentums, wie Hunderte religiöse Monumente zeigen, die überall zu finden sind. Die alten Tempel der zwölf olympischen Götter verwandelten sich in imposante Basiliken und höhlenartige Heiligtümer wurden in Kirchen umgebaut.
Überreste frühchristlicher Basiliken, die nach wie vor aufgrund ihrer Größe äußerst beeindruckend sind, sind über die ganze Insel verstreut. Neben der riesigen Basilika St. Titus in Gortys lassen sich Spuren ähnlicher religiöser Monumente bei Hersonissos, Fragokastelo, Elounda, Almyrida, Panormo, Goulediana, Sougia und Eleftherna finden.
Alte Hyrtakina 
Die Stadt Hyrtakina wurde auf dem steilen Kastri in der Nähe des Dorfes Temenia erbaut und blühte in der hellenistischen Zeit. Heute hat die Vegetation die meisten Teile der antiken Stadt bedeckt.
Lassea war ein Hafen der römischen Stadt Gortys, die Hauptstadt der Kreta im römischen Zeitalter. Lasea war reich an Kupferablagerungen, die ausgegraben wurden. Paulus erwähnt die Stadt in seinen Unterlagen für seinen Aufenthalt auf Kreta.
Die archäologische Stätte von Trypitos liegt auf einer kleinen Halbinsel, 3 km östlich von Sitia, in der Nähe des Strandes Karavopetra, der einen atemberaubenden Blick auf die Stadt Sitia hat. Sie gilt als die alte Stadt Sitia, Itia, die ursprünglich der Hafen von Praesus war. Die Stadt blühte in der hellenistischen Zeit (350BC-50BC).
Hier wird geglaubt, dass es die antike Stadt Poikilasos oder Poikilasion gab, aber heute sehen Sie nur wenige zerstreute Spuren.
Im Westen der Stadt Arkalohori erhebt sich der Felsen des Propheten Elijah (Profitis Ilias) mit der gleichnamigen Kapelle an der Spitze und der minoischen heiligen Höhle von Arkalochori. Auf dem Hügel gegenüber Arkalochori wurde eine ausgedehnte Siedlung entdeckt, die von der minoischen bis zur osmanischen Zeit bewohnt wurde.
Sivrytos (Sibryta) ist eine alte Stadt auf dem Hügel Kefala in der Nähe der aktuellen Dörfer Thronos und Agia Fotini. Sie wurde in den dunklen Jahren des alten Kretas gegründet, nach der Zerstörung der minoischen Zivilisation (1200 v. Chr.), als die verzweifelten Minoer Städte in den unwirtlichsten und unzugänglichen Gipfeln der Kretischen Berge gegründet haben, aber vor allem in der griechisch-römischen Zeit blühten.
Die Eteokretans haben ihre minoische Tradition, Sprache und Religion zunächst bewahrt. In der Tat haben die Archäologen minoische Sprachinschriften mit griechischen Zeichen identifiziert, die für die Entschlüsselung der minoischen Sprache sehr wichtig sind. Allerdings haben sie auch eine demokratische Verfassung nach den dorischen Städten angenommen.
Über dem Strand von Gerontolakkos, an der Stelle Farmakokefalo, fand der Archäologe P. Papadakis 1984 die Überreste der hellenistischen Stadt Ambelos. Ausgrabungen zeigten eine wohlhabende Stadt mit massiven Mauern, Häusern und verschiedenen Straßen.
