Während des dunklen Zeitalters war das Leben in solch entlegenen und unwirtlichen Gebieten derart mühselig, dass diese Siedlungen wenige Jahrhunderte später aufgegeben wurden und verschwanden. Gleichzeitig legten die Achaer und Dorier den Grundstein für die Blüte des klassischen Hellenismus. Sie führten neue Bräuche ein wie die Nutzung von Eisen, die Feuerbestattung und neue Arten der Bekleidung.
Die „Insel der hundert Städte“, wie von Homer beschrieben, rückte allmählich in den Vordergrund. Knossos wurde erneut zum Verwaltungszentrum und neue eindrucksvolle Städte entwickelten sich, z. B. Hierapytna, Itanos, Axos, Praesus, Sivrytos, Dreros, Rizinia, Tripitos und viele andere.
Als der Römer Quintus Caecilius Metellus Kreta im Jahre 69 v. Chr. eroberte, verlagerte sich die Hauptstadt der Insel nach Gortys, das später zur Hauptstadt der senatorischen Provinz Kreta und Kyrene wurde. Die Stadt beeindruckt noch heute mit den Überresten der Bäder, der Theater, des Stadions, des Hippodroms, der Zitadelle und der Tempel. Versorgt wurde die Stadt über die Häfen von Matala, Lassea und Levena (das heutige Lendas).
Neben Gortys florierten viele andere Städte. Hierzu gehören die heutigen Städte Eleftherna, Polyrhenia, Lyttos, Elyros, Aptera, Lappa, Olous, Lato und Priansus mit äußerst eindrucksvollen archäologischen Stätten.
Nach der Errichtung kretischer Kolonien auf Sizilien, in Marseille und Kyrene im 7. Jahrhundert v. Chr. florierte der Handel erneut und viele Häfen wurden mächtiger als die Städte, die sie versorgten. Einige Häfen entwickelten sich zu Großstädten, z. B. Falassarna, Lissos, Cheronissos, Lato Kamara und Inatus.
Der Anbruch des Christentums
Auf seiner Reise nach Rom landete der Apostel Paulus auf Kreta und verkündete den Glauben und die Lehre des Christentums. Er entzündete die Flamme einer jahrhundertealten Tradition der Enthaltsamkeit, deren Spuren wir heute noch in Einsiedeleien und klösterlichen Einrichtungen in der Region von Asterousia finden.
Gebiete, die laut Überlieferung vom Heiligen Paulus und Heiligen Johannes Xenos besucht wurden, verwandelten sich in lebendige Gemeinschaften, die sich der Enthaltsamkeit verschrieben. Von diesen haben Asterousia und die Halbinsel Akrotiri bei Chania bis heute ihren klösterlichen Charakter bewahrt.
Die Insel wurde zu einem wichtigen Zentrum des Christentums, wie Hunderte religiöse Monumente zeigen, die überall zu finden sind. Die alten Tempel der zwölf olympischen Götter verwandelten sich in imposante Basiliken und höhlenartige Heiligtümer wurden in Kirchen umgebaut.
Überreste frühchristlicher Basiliken, die nach wie vor aufgrund ihrer Größe äußerst beeindruckend sind, sind über die ganze Insel verstreut. Neben der riesigen Basilika St. Titus in Gortys lassen sich Spuren ähnlicher religiöser Monumente bei Hersonissos, Fragokastelo, Elounda, Almyrida, Panormo, Goulediana, Sougia und Eleftherna finden.
Alte Matala 
Matala, der alte Matelon, war ein Hafen von Phaestus und Gortys und ist bekannt für die geschnitzten Höhlen, die die griechischen Gräber waren. Das Kap südlich von Matala wurde als das Kap Nysos identifiziert und der Ort, an dem die Schiffe von Menelaus zerstört wurden (Odyssey).
Die Ruinen der antiken Stadt Polirinia befinden sich auf einem steilen Hügel mit Blick auf das kretische und libysche Meer. Die Stadt wurde wahrscheinlich von den Achäern im Jahre 1100 v.Chr. gegründet und blühte während der Römerzeit.
In kurzer Entfernung von Elounda, in der Nähe der Salzpfannen, finden wir wenige Überreste der alten Stadt Olous (die meisten im Meer), die seit der minoischen Zeit bewohnt wurde. Olous war eine der hundert wichtigsten Städte des alten Kretas mit einer maximalen Bevölkerung von über 30.000 Menschen.
Über dem malerischen Dorf Trialonia, Kissamos Bezirk, und ein wenig im Osten, treffen wir den Hügel von Kefala. Kefala hat Blick auf alle umliegenden Gebiete und verbirgt einen wahrhaft unbekannten Schatz, eine riesige archäologische Stätte, die nicht durch den griechischen Staat geschützt wurde und noch zerstört wird.
Die heutige Stadt Hersonissos behält den Namen der alten Stadt Hersonissos oder Heronissos. Die Stadt existierte seit der minoischen Zeit, aber blühte nach der Eroberung Kretas durch die Römer.
Der alte Lissos war der Hafen von Elyros und wurde in einem kleinen Tal zwischen Sougia und Paleochora gebaut. Er blühte von der hellenistischen Zeit bis zum 9. Jahrhundert, als er von den Sarazenen zerstört wurde. Er war berühmt für die Asclepion, wo die Patienten aus der ganzen Insel angekommen sind, um von den Thermalbädern geheilt zu werden.
Hl. Thomas (Agios Thomas) ist eines der beeindruckendsten Bergdörfer Kretas. Dies befindet sich vor allem auf den Felsen der Region, die leicht zu schnitzen sind. Ausgezeichnete Denkmäler aus geschnitzter Architektur reisen uns zu alten Zeiten mit geschnitzten minoischen Pressen, römischen Gräbern und höhlenartigen Tempeln.
