Heraklion beherbergt viele Schluchten, von denen die meisten die Bereiche von Psiloritis und Asterousia kreuzen. Asterousia hat wunderbare Wanderschluchten, die wichtigsten sind Agiofarago, Martsalo und Trafoulas. Allerdings ist die berühmteste Schlucht Gafaris bei Psiloritis. Sie überquert das herrliche Eichenholz von Rouvas. Andere Schluchten von Psiloritis sind die Schlucht von Kroussonas, durch die der minoische Weg zur Idaeischen Höhle führt, die Schlucht Vromonero, die Schlucht Vorizano und die beiden kleinen Schluchten von Asites (Saint Charalambos und Saint Anthony). In der Nähe von Heraklion Stadt gibt es die üppigen Schluchten von Karteros, Kounavi, Sylamos, Almyros und Venerato. Die westlichen Hänge des Lassithi-Gebirges beherbergen die Schluchten von Roza, Ambelos, Apotyposi und den Fluss Aposelemis von Hersonissos.
Abgesehen von erreichbaren Schluchten, ist Heraklion die Heimat von einigen sehr beliebten technischen Schluchten wie die imposante Schlucht von Arvi, die nach einem 80m hohen Fall zu einem dunklen unterirdischen Fluss wird. Besonders das Gebiet von Tsoutsouras und Keratokambos ist die Heimat von vielen steilen Schluchten, die mit Schrauben und Anker ausgestattet wurden.
Venerato Schlucht 
Die unbekannte Schlucht von Venerato befindet sich 17 km südlich von Heraklion, direkt neben dem Dorf Venerato und Paliani Kloster. Der tiefe Teil der Schlucht ist sehr kurz in der Länge (ca. 500m), aber ihre Schönheit verlässt die Besucher nicht unberührt, obwohl sie schlecht durch menschliche Aktivitäten infiziert wird.
Die Schlucht von Eligas ist ein Denkmal der natürlichen Schönheit, das sich auf der Westseite des Berges Koupa, in der Nähe des Dorfes Miliaradon durch Embaros befindet. Das ist eigentlich ein hoher Wasserfall mit neun Rappels, ideal für den Besuch der Schlucht. Der Höhenunterschied zwischen Eingang und Ausgang beträgt ca. 230m.
Ein paar Minuten von der Stadt Heraklion, in der Nähe des Klosters Agios Panteleimonas von Fodele, befindet sich die Schlucht von Santorinios. Die Schlucht ist kurz, wurde aber aufgrund ihres sehr schwierigen Zugangs wegen der dichten Vegetation und der vielen Teiche noch nicht ausgenutzt.
Die Schlucht von Embasa beginnt vom Dorf Kato Kera und endet in der Nähe des Dorfes Gonies, etwa 2 km lang. Ihr oberer Teil ist sehr steil und im Winter werden mehrere Wasserfälle gebildet, mit dem höchsten Wasserfall etwa 20m hoch.
Im Westen des Dorfes Rogdia wurde eine kleine Schlucht gebildet, die in die Gegend von Paliokastro führt. Der Weg beginnt von der alten Wassermühle von Koukos, durch die Hauptstraße, die Rogdia mit Achlada verbindet, und steigt bis zum eindrucksvollsten Teil, dem 10 Meter hohen Wasserfall Rechtra, der über einen ziemlich steilen Abhang mit Seilen erreicht wird.
Spiliotissa Schlucht liegt etwa 24 km südlich von Heraklion. Das ist eine üppige Schlucht, die vom Dorf Houdetsi verläuft, Agios Vasilios überquert und im Tal von Peza endet. Der beste Teil der Schlucht befindet sich zwischen Houdetsi und Agios Vasilios (1,5 km lang).
Östlich von Voriza Dorf, am Fuße von Psiloritis, beginnt eine trockene Schlucht mit Stechpalmen, die auf die Hochebene des Nida Plateau und in die Höhle Ideon Antron führt. Die Schlucht ist anfangs sehr steil mit kleinen Wasserfällen, die aus den steilen Kalksteinklippen stammen, aber bald verwandelt sie sich in ein schönes Tal mit Kermes Eichen und einer reichhaltigen Flora mit vielen endemischen Pflanzen Kretas wie dem kretischen Dittany oder "erontas" (Origanum Dictamnus), oder der Rock Lettuce (Petromarula pinnata).
Die Schlucht von Agia Anastasia beginnt von Kenourgio Horio, der Provinz Pediada (Höhe 160m) und endet an der Seesiedlung von Gournes. Der Name wurde nach der höhlenartigen Kapelle von St. Anastasia genommen, in der Nähe von ihrem Eingang. Die Vegetation beschränkt sich auf Oleander und die Wände werden in mehreren Punkten eng. Der Abstieg der Schlucht dauert etwa drei Stunden.
