Στο Ηράκλειο υπάρχουν πολλά φαράγγια, με τα περισσότερα από αυτά να διασχίζουν τους όγκους του Ψηλορείτη και των Αστερουσίων Ορέων. Τα Αστερούσια διαθέτουν υπέροχα πεζοπορικά φαράγγια, με πιο σημαντικά του Αγιοφάραγγου, του Μάρτσαλου και του Τράφουλα. Ωστόσο, το διασημότερο φαράγγι είναι του Γάφαρη στον Ψηλορείτη, που διασχίζει το μαγευτικό δάσος του Ρούβα. Άλλα φαράγγια του Ψηλορείτη είναι του Κρουσώνα, μέσα από το οποίο διερχόταν το Μινωικό μονοπάτι για το Ιδαίον Άντρον, του Βρωμονερού, το Βοριζανό και τα δύο μικρά φαράγγια των Ασιτών. Κοντά στην πόλη, υπάρχουν τα καταπράσινα φαράγγια του Καρτερού, το Κουναβιανό, το Αρχανιώτικο, του Αλμυρού και του Βενεράτου. Στις δυτικές υπερώιες των Λασιθιώτικων βουνών υπάρχουν επίσης τα φαράγγια της Ρόζας, της Αμπέλου, της Αποτύπωσης και κοντά στη Χερσόνησο το φαράγγι του Αποσελέμη.
Εκτός από τα περιπατητικά αυτά φαράγγια, κυρίως η περιοχή των Αστερουσίων Ορέων στο νότιο Ηράκλειο φιλοξενεί πολλά τεχνικά φαράγγια, που έχουν ασφαλιστεί και χρησιμοποιούνται συχνά για την εκπαίδευση νέων canyoners.
Δάσος και Φαράγγι Ρούβα 
Το φαράγγι του Αγίου Νικολάου, του Γάφαρη ή του Ρούβα, ορίζεται από τις κορυφές Αμπελάκια στα ανατολικά και Σαμάρι στα δυτικά. Πρόκειται για το σημαντικότερο φαράγγι του Ψηλορείτη και της κεντρικής Κρήτης και πήρε το όνομα του από το ομώνυμο Βυζαντινό εκκλησάκι στη νότια είσοδο του.
Αστρακιανό Φαράγγι 
Το Αστρακιανό και το Κουναβιανό είναι δύο καταπράσινα φαράγγια που ενώνονται κοντά στο Σκαλάνι και συνεχίζουν ενιαία την πορεία τους ως τον Καρτερό. Το συνολικό μήκος του δικτύου των δύο φαραγγιών είναι 21 χλμ. Βρίσκονται ανατολικά της πόλης του Ηρακλείου και εντάσσονται στην ευρύτερη περιοχή του Γιούχτα και του φαραγγιού της Αγ. Ειρήνης (περιοχή Natura 2000) στις Αρχάνες.
Το Αγιοφάραγγο βρίσκεται νότια της Μονής Οδηγήτριας και δημιουργήθηκε από τις κοίτες δύο ρεμάτων που ξεκινούν το ένα βόρεια - βορειοανατολικά από το Γυαλομονόχωρο και το άλλο βορειοανατολικά από την Οδηγήτρια. Τα δύο ρέματα συναντούνται κοντά στην Αγία Κυριακή και αφού ακολουθήσουν μια σχετικά ομαλή διαδρομή δυτικά και νότια της εκκλησίας Αγ. Κυριακής εισέρχεται στο ποροφάραγγο απ' όπου αρχίζει το κυρίως φαράγγι, το Αγιοφάραγγο και καταλήγει στο Λιβυκό πέλαγος όπου απλώνεται μια μικρή αλλά θαυμάσια παραλία.
Το φαράγγι του Αμπά βρίσκεται περίπου 53km νότια του Ηρακλείου, στα Αστερούσια Όρη. Ξεκινάει από το μικρό οροπέδιο που σχηματίζεται κοντά στο χωριό Παράνυμφοι (710m υψόμετρο) και καταλήγει στην παραλία των Τριών Εκκλησιών. Πρόκειται για ένα μεγάλο (4km), πολύ όμορφο φαράγγι με πολλά στενά περάσματα, το οποίο δεν είναι προσβάσιμο, παρά μόνο από έμπειρους canyoners.
Το Κουναβιανό φαράγγι είναι το πλουσιότερο σε βλάστηση φαράγγι όλου του νομού Ηρακλείου με απίστευτο πράσινο, μια πραγματική όαση στο κέντρο της επαρχίας Πεδιάδος Ηρακλείου. Την ονομασία του την παίρνει από το χωριό Κουνάβοι στην κτηματική περιφέρεια του οποίου ανήκει.
Η Πορτέλα βρίσκεται νότια του νομού Ηρακλείου, η είσοδός της βρίσκεται στο χωριό Χόντρος και η έξοδός της στον Κερατόκαμπο. Είναι ένα από τα πιο άγρια φαράγγια της Ελλάδας και γι' αυτό προτιμάται ιδιαίτερα από όσους ασχολούνται με canyoning.
Δυτικά του χωριού Άνω Ασίτες περνάει ο ποταμός του χωριού που ξεκινάει αρχικά στο Φαράγγι του Αγίου Χαραλάμπους, σύντομα μετατρέπεται σε ένα βαθύ κι εντυπωσιακό φαράγγι, το φαράγγι του Αγίου Αντωνίου.
Το φαράγγι του Αλμυρού βρίσκεται στη θέση Ελληνοπεράματα, πολύ κοντά στο Ηράκλειο, όντας το κοντινότερο από τα δυτικά φαράγγι στην πόλη του Ηρακλείου, μια φυσική όαση πολύ κοντά στην πολύβουη πόλη. Σχηματίζεται ανάμεσα στα υψώματα της Κέρης και της Καστροκεφάλας με την αρχαία πολιτεία στην κορφή της από την οποία έχουμε μοναδική θέα στο εσωτερικό του.
