Многочисленные пещеры обязаны своим существованием изрезанному рельефу острова. Первобытные рисунки в пещере Скордилакия возле Асфенду свидетельствуют о том, что люди здесь жили уже тысячи лет назад. Более того, современная религиозная традиция устраивать в пещерах часовни имеет древние языческие корни.
Когда-то давно именно в пещерах минойцы поклонялись своим главным божествам, таким как Илифия, богиня-родовспомогательница. Позже они стали поклоняться царю богов Зевсу в Диктейской и Идейской пещерах, превратив их в важные религиозные центры. В Византийскую эпоху пещеры, в которых, как гласит предание, жили святые (например, Святой Павел, Герасим и Иоанн Ксифилин), были преобразованы в важные аскетические общины. Многие страницы истории Крита были написаны в его пещерах, например, в Мелидони, Милатосе, Крионериде и Тигани возле Грамвусы произошли кровавые побоища.
Ряд пещер имеет большое спелеологические и экологическое значение. Диктейская пещера в окрестностях Психро, Геронтоспилиос возле Мелидони и Сфендони близ Зонианы славятся своим богатым убранством и открыты для посетителей. Помимо пещер, имеющих религиозную или историческую ценность, на карте острова отмечено свыше 4500 пещер и карстовых воронок, насладиться прекрасным убранством которых может любой опытный спелеолог. Территории, богатые интереснейшими пещерами, — это гора Струмбулас у Ираклиона, геопарки Сития и Псилоритис, а также район Мелидони в Белых горах. Три глубочайшие карстовые воронки Греции расположены на Крите.Пещеры
Пещера Гуменоспилио 
Ущелье Агиофараго находится на юге Крита в области Ираклион, к юго-востоку от поселка Матала. Согласно легенде, триста отшельников жило здесь в полной изоляции друг от друга и встречались они только один раз в год в Goumenospilio. В этот день они собирались в пещере и усаживались на триста камней, пересчитывая сколько камней осталось свободными, так они узнавали сколько их умерло за год.
Пещера Мугри находится посреди гор Кулуконас немного к северо-западу от монастыря Воссакос. Очень впечатляющая пещера с богатым декором внутренних стен. Сформирована пещера двумя главными стенами в приблизительно занимающих 2 тыс. м². Останки травертинового водоема в самой глубинной части пещеры свидетельствует о том, что водоем был активным много лет назад. Водоем использовался людьми, по крайней мере с менонитской эры.
Пещера Ано Перистерас – одна из многих подземных рек в районе Кариди, провинции Сития. Она находится на высоте 650 метров, длина троп внутри пещеры составляет 5500м и глубина превышает 220м.
Пещера Врико расположена приблизительно в 2км к северо-востоку от деревни. Это пещера и расщелина с исследованной глубиной около 25-30 метров. Вход представляет собой открытое, плоское место похожее на гумно. У входа находится лестница, чтобы облегчить доступ к пещере. Прямо здесь растет фиговое дерево и его ветви покрывают большую галерею длиной 60-70 метров. На входе и у задней части галереи имеются надписи времен неолита.
Пещера Нераидогула расположена на высоте 1320 м. в русле ручья Линарас в сосновом лесу Селаканос. Найти вход немного трудно, хотя и есть указатели, так как он очень маленький, и нельзя догадаться, что внутри нас ждет большая пещера.
Пещера Драколаки проходит по руслу длинной подземной реки и расположена на южных склонах вершины Тодорис в Белых Горах, в верхней части каньона Арадена. Именно эта пещера является является отправным пунктом для сети оврагов, которые образовывают Араденское Ущелье.
Пещера Киниготафкос или просто Тафкос Сикии (фиговое дерево) находится около Гонис, на отметке Воскеро, на высоте 1092 метров, в 40 км к западу от Ираклиона. Она считается один из обрывов в этой местности и имеет исследованную глубину 70 метров.
В самой отдаленной части восточного Крита находится пещера Алогарас. Название происходит от слова «логари» («сокровище»). Она находится рядом с деревней Тсо, сегодня называемой Агия Триада. Пещера расположена на дороге к заброшенному пляжу Ливари и в 120м над ним там, где виднеются останки древней гавани Зирос. Найти вход в пещеру очень просто даже издалека, потому что в ней есть громадное отверстие, закрытое каменной стеной, заметной издалека.
