Многочисленные пещеры обязаны своим существованием изрезанному рельефу острова. Первобытные рисунки в пещере Скордилакия возле Асфенду свидетельствуют о том, что люди здесь жили уже тысячи лет назад. Более того, современная религиозная традиция устраивать в пещерах часовни имеет древние языческие корни.
Когда-то давно именно в пещерах минойцы поклонялись своим главным божествам, таким как Илифия, богиня-родовспомогательница. Позже они стали поклоняться царю богов Зевсу в Диктейской и Идейской пещерах, превратив их в важные религиозные центры. В Византийскую эпоху пещеры, в которых, как гласит предание, жили святые (например, Святой Павел, Герасим и Иоанн Ксифилин), были преобразованы в важные аскетические общины. Многие страницы истории Крита были написаны в его пещерах, например, в Мелидони, Милатосе, Крионериде и Тигани возле Грамвусы произошли кровавые побоища.
Ряд пещер имеет большое спелеологические и экологическое значение. Диктейская пещера в окрестностях Психро, Геронтоспилиос возле Мелидони и Сфендони близ Зонианы славятся своим богатым убранством и открыты для посетителей. Помимо пещер, имеющих религиозную или историческую ценность, на карте острова отмечено свыше 4500 пещер и карстовых воронок, насладиться прекрасным убранством которых может любой опытный спелеолог. Территории, богатые интереснейшими пещерами, — это гора Струмбулас у Ираклиона, геопарки Сития и Псилоритис, а также район Мелидони в Белых горах. Три глубочайшие карстовые воронки Греции расположены на Крите.Пещеры
Пещера Эллиноспилиос 
Пещера Эллиноспилиос находится недалеко от побережья Афрата, а популярный пляж Афрата, в свою очередь, находится всего в одном километре от одноименной деревни, в 3,5 км от Колимбари (или Колимвари ) и в 28 километрах к западу от города Ханья, на мысе Родопос.
Пещера Трапеза использовалась в качестве места для поклонения, что подтверждается множеством апсид на полу и коморкой у входа (и коморка, и вход датируются средне-менонитским и после-менонитским периодами). Одними из самых главных находок в пещере являются две мужские скульптуры в позиции поклонения.
Пещера Камилари расположена всего в 200м от 13-го км старой дороги между Ираклионом и Ретимно, около Тилиссоса, на высоте 267м над уровнем моря. Длина составляет 200м, в то время как вход имеет ширину 10м и высоту 4м.
Пещера Лавиринтаки расположена в 50км к югу от Ираклиона, на небольшом холме между Плути и Морони и представляет собой небольшую древнюю каменоломню, с самой большой комнатой в ней в 300 кв. метров, в то время как высота достигает 4м в некоторых местах. Имеется несколько колонн для поддержания свода.
Пещера под названием “Хонос” (“Воронка”), находится в районе Спилиос, в 600 м на северо-запад от деревни Сархос в муниципалитете Крусонас. Вход в пещеру находится на высоте 276 м: это полукруг шириной 4.50 м. высотой 3 м, а в длину вход занимает 5 м. Пещера Сархос с ее проходами общей длиной 1700 м впечатляет своими размерами, и, хотя она вряд ли имеет какую-то эстетическую ценность, она представляет огромный интерес для спелеологов и имеет немалое гидрологическое значение.I
Пещера Перистерас находится на северо-западной окраине плато Лимнакаро, к югу от деревни Авраконтес. Ученые установили, что в средне-менонийский период она использовалась для погребальных нужд. В наши дни, главный вход в пещеру завален огромными валунами, препятствующими попаданию в пещеру.
Тафкос Маври (черный провал) находится над деревней Вистаги на высоте 1450 м и имеет общую исследованную глубину 200м с вертикальными спусками по 50 метров и огромными залами, достигающими площади 1500 кв. м. Здесь были найдены кости (рога) критянского горного козла, который исчез из горного кряжа Псилоритис со времени турецкого правления (около 1800г. н.э.).
Несколько лет назад, при открытии кольцевой дороги на Плато, севернее села было обнаружена пещера, полная костей и черепов. Пещера была опечатана и в ней работает исторический отдел.
