Многочисленные пещеры обязаны своим существованием изрезанному рельефу острова. Первобытные рисунки в пещере Скордилакия возле Асфенду свидетельствуют о том, что люди здесь жили уже тысячи лет назад. Более того, современная религиозная традиция устраивать в пещерах часовни имеет древние языческие корни.
Когда-то давно именно в пещерах минойцы поклонялись своим главным божествам, таким как Илифия, богиня-родовспомогательница. Позже они стали поклоняться царю богов Зевсу в Диктейской и Идейской пещерах, превратив их в важные религиозные центры. В Византийскую эпоху пещеры, в которых, как гласит предание, жили святые (например, Святой Павел, Герасим и Иоанн Ксифилин), были преобразованы в важные аскетические общины. Многие страницы истории Крита были написаны в его пещерах, например, в Мелидони, Милатосе, Крионериде и Тигани возле Грамвусы произошли кровавые побоища.
Ряд пещер имеет большое спелеологические и экологическое значение. Диктейская пещера в окрестностях Психро, Геронтоспилиос возле Мелидони и Сфендони близ Зонианы славятся своим богатым убранством и открыты для посетителей. Помимо пещер, имеющих религиозную или историческую ценность, на карте острова отмечено свыше 4500 пещер и карстовых воронок, насладиться прекрасным убранством которых может любой опытный спелеолог. Территории, богатые интереснейшими пещерами, — это гора Струмбулас у Ираклиона, геопарки Сития и Псилоритис, а также район Мелидони в Белых горах. Три глубочайшие карстовые воронки Греции расположены на Крите.Пещеры
Аввакоспилио 
Аввакоспилио находится на западе от монастыря Кудума. Это пещерообразного типа храм, отшельником которого в 7-ом веке был Святой Козмас, который, согласно преданию, погребён в монастыре.
Пещера Фоволис 
Пещера Фоволис размещена к северу от Афиринолакоса в точке «Фоволис». Она находится рядом с древним менонитским поселением. Пещера небольшая и легко проходимая.
Пещера находится в местечка Пателия, на расстоянии 1 км к северо-западу от деревни Ситанос в Ситии, в нескольких метрах к югу от дороги. Высота возвышенности - примерно 610 м. Пещера сформировалась из известняка юрского периода. Чуть севернее находятся филлиты пермско-триасового периода, которые можно найти и к юго-западу от пещеры, а на северо-западе и юго-востоке от пещеры можно найти небольшие обломки доломита триасового периода. Деревня Ситанос построена в точке соприкосновения филлитов и эоценового флиша. Вход в пещеру находится в точке касания известняка и филлитов. Местные жители раньше знали о пещере и заходили на глубину 50 м.
Родник и пещера Кормокопос находятся к северо-западу от Агиос Иоаннис, в восточной части каньона Элигия. Проход от Агиос Иоаннис к пещере занимает около 1,5 часа. Он начинается с красивой тропинки через лес из старых сосен и кипарисов и заканчивается почти неожиданно диким и внушительным пейзажем.
Пещера непроходима. Чтобы попасть внутрь необходима веревка и альпийское снаряжение, так как сразу около входа находится 2-хметровый резкий обрыв. Далее расщелина более постепенна, и общая длина ее тоннелей достигает 430 метров. Здесь также находится озеро, которое было обнаружено французскими спелеологами, исследовавшими Спилиару. Это вторая по длине пещера в провинции Малевизи. В пещере Спилиара во время Второй мировой войны прятались жители Астираки, во время немецких бомбардировок.
Пещера Като Плативоло находится около поселения Катсидони, Сития. Эти места имеют множество свидетельств о жизнедеятельности здесь человека со времен античности.
Провал Тафкос Пальмети находится на плато Струбула и имеет глубину 44м. Название происходит от имени христианского повстанца Гианниса Пальметиса (который в 1790 – 1834гг. находил в Струбуле убежище и следил за дорогой на Ретимно).
Пещера Тафкура расположена в районе Петрадолакия на высоте 1480 метров, приблизительно 13 км к югу от Аногии. Место классифицируется как впадина с исследованной глубиной 860м и общей протяженностью 6570 метров. По данным 2013 впадина является самой большой и глубокой пещерой горы Псилоритис и третьей во всей Греции.
